Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

A- to B-DNA Transition in AMBER Force Fields and Its Coupling to Sugar Pucker

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F18%3A73591652" target="_blank" >RIV/61989592:15310/18:73591652 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.7b00926" target="_blank" >https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.7b00926</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.7b00926" target="_blank" >10.1021/acs.jctc.7b00926</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    A- to B-DNA Transition in AMBER Force Fields and Its Coupling to Sugar Pucker

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The A/B transition is a basic element of DNA conformational change. Because of its involvement in the sensing of the ionic conditions by DNA and in specific protein DNA interactions, this transition is important for biological functions of DNA. Therefore, accurate modeling of the A/B equilibrium by means of empirical force fields is of utmost interest. In this work, we examine the A/B equilibrium in three AMBER force fields, including the recent bsc1 and OL15 modifications, using much longer MD simulations than attempted before. Special attention is paid to the coupling of the A/B equilibrium with the south/north (S/N) transition of the sugar pucker. We found that none of the tested force fields provided a satisfactory description of the A/B equilibrium because the B-form was predicted to be much too stable and the A-form was predicted to be almost absent even in concentrated trifluoroethanol solutions. Based on comparison with NMR data for duplexes and single nucleosides, we hypothesize that this problem arose from the incorrect description of the S/N equilibrium of sugar pucker, where the south conformation is much too stable, thus stabilizing the B-form. Because neither the A/B equilibrium in duplexes nor the S/N equilibrium in nucleosides was described accurately, further refinements of the AMBER DNA force fields are needed.

  • Název v anglickém jazyce

    A- to B-DNA Transition in AMBER Force Fields and Its Coupling to Sugar Pucker

  • Popis výsledku anglicky

    The A/B transition is a basic element of DNA conformational change. Because of its involvement in the sensing of the ionic conditions by DNA and in specific protein DNA interactions, this transition is important for biological functions of DNA. Therefore, accurate modeling of the A/B equilibrium by means of empirical force fields is of utmost interest. In this work, we examine the A/B equilibrium in three AMBER force fields, including the recent bsc1 and OL15 modifications, using much longer MD simulations than attempted before. Special attention is paid to the coupling of the A/B equilibrium with the south/north (S/N) transition of the sugar pucker. We found that none of the tested force fields provided a satisfactory description of the A/B equilibrium because the B-form was predicted to be much too stable and the A-form was predicted to be almost absent even in concentrated trifluoroethanol solutions. Based on comparison with NMR data for duplexes and single nucleosides, we hypothesize that this problem arose from the incorrect description of the S/N equilibrium of sugar pucker, where the south conformation is much too stable, thus stabilizing the B-form. Because neither the A/B equilibrium in duplexes nor the S/N equilibrium in nucleosides was described accurately, further refinements of the AMBER DNA force fields are needed.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10403 - Physical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2018

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Chemical Theory and Computation

  • ISSN

    1549-9618

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    14

  • Číslo periodika v rámci svazku

    1

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    319-328

  • Kód UT WoS článku

    000419998300028

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85040315459