Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

The Ad-MD method to calculate NMR shift including effects due to conformational dynamics: The P-31 NMR shift in DNA

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F21%3A73610420" target="_blank" >RIV/61989592:15310/21:73610420 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jcc.26778" target="_blank" >https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jcc.26778</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1002/jcc.26778" target="_blank" >10.1002/jcc.26778</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    The Ad-MD method to calculate NMR shift including effects due to conformational dynamics: The P-31 NMR shift in DNA

  • Popis výsledku v původním jazyce

    A method for averaging of NMR parameters by molecular dynamics (MD) has been derived from the method of statistical averaging in MD snapshots, benchmarked and applied to structurally dynamic interpretation of the P-31 NMR shift (delta(31P)) in DNA phosphates. The method employs adiabatic dependence of an NMR parameter on selected geometric parameter(s) that is weighted by MD-calculated probability distribution(s) for the geometric parameter(s) (Ad-MD method). The usage of Ad-MD for polymers is computationally convenient when one pre-calculated structural dependence of an NMR parameter is employed for all chemically equivalent units differing only in dynamic behavior. The Ad-MD method is benchmarked against the statistical averaging method for delta(31P) in the model phosphates featuring distinctively different structures and dynamic behavior. The applicability of Ad-MD is illustrated by calculating P-31 NMR spectra in the Dickerson-Drew DNA dodecamer. delta(31P) was calculated with the B3LYP/IGLO-III/PCM(water) and the probability distributions for the torsion angles adjacent to the phosphorus atoms in the DNA phosphates were calculated using the OL15 force field.

  • Název v anglickém jazyce

    The Ad-MD method to calculate NMR shift including effects due to conformational dynamics: The P-31 NMR shift in DNA

  • Popis výsledku anglicky

    A method for averaging of NMR parameters by molecular dynamics (MD) has been derived from the method of statistical averaging in MD snapshots, benchmarked and applied to structurally dynamic interpretation of the P-31 NMR shift (delta(31P)) in DNA phosphates. The method employs adiabatic dependence of an NMR parameter on selected geometric parameter(s) that is weighted by MD-calculated probability distribution(s) for the geometric parameter(s) (Ad-MD method). The usage of Ad-MD for polymers is computationally convenient when one pre-calculated structural dependence of an NMR parameter is employed for all chemically equivalent units differing only in dynamic behavior. The Ad-MD method is benchmarked against the statistical averaging method for delta(31P) in the model phosphates featuring distinctively different structures and dynamic behavior. The applicability of Ad-MD is illustrated by calculating P-31 NMR spectra in the Dickerson-Drew DNA dodecamer. delta(31P) was calculated with the B3LYP/IGLO-III/PCM(water) and the probability distributions for the torsion angles adjacent to the phosphorus atoms in the DNA phosphates were calculated using the OL15 force field.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10403 - Physical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA19-13436S" target="_blank" >GA19-13436S: Nový vhled do struktury a dynamiky páteře nukleových kyselin užitím pokročilých DFT-MD výpočtů a 31P NMR spektroskopie</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2021

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Computational Chemistry

  • ISSN

    0192-8651

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    43

  • Číslo periodika v rámci svazku

    2

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    132-143

  • Kód UT WoS článku

    000713981100001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85118502615