Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Complete genome sequence of a novel cytorhabdovirus infecting elderberry (Sambucus nigra L.) in the Czech Republic

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F22%3A73612946" target="_blank" >RIV/61989592:15310/22:73612946 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s00705-022-05444-4.pdf" target="_blank" >https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s00705-022-05444-4.pdf</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1007/s00705-022-05444-4" target="_blank" >10.1007/s00705-022-05444-4</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Complete genome sequence of a novel cytorhabdovirus infecting elderberry (Sambucus nigra L.) in the Czech Republic

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The genus Cytorhabdovirus includes plant viruses with an unsegmented, single-stranded, negative-sense RNA genome that infect various plant hosts. In this work, we report the detection of a new cytorhabdovirus infecting elderberry (Sambucus nigra L.). Total RNA was purified from infected leaves and, after ribodepletion, sequenced using an Illumina system. The RNA genome of viral isolate B15 is 12,622 nucleotides (nt) long, and that of isolate B42 is 12,621 nt long. A nearly complete sequence (12,592 nt) was also obtained for a third isolate (B160). The RNA genomes of all three isolates showed an organisation typical of cytorhabdoviruses, harbouring all six of the expected genes (3 &apos; N-P-P3-M-G-L 5 &apos;), separated by intergenic regions. These isolates were closely related to each other (99.5-99.6% nt sequence identity) and showed the highest overall similarity to trichosanthes associated rhabdovirus 1 (63.5% identity) and Wuhan insect virus 5 (58% identity), and similar results were obtained when comparing individual coding sequences or proteins. Phylogenetic analysis confirmed that this elderberry virus, for which we propose the name &quot;sambucus virus 1&quot; belongs to the genus Cytorhabdovirus and fulfils the criteria to represent a novel species.

  • Název v anglickém jazyce

    Complete genome sequence of a novel cytorhabdovirus infecting elderberry (Sambucus nigra L.) in the Czech Republic

  • Popis výsledku anglicky

    The genus Cytorhabdovirus includes plant viruses with an unsegmented, single-stranded, negative-sense RNA genome that infect various plant hosts. In this work, we report the detection of a new cytorhabdovirus infecting elderberry (Sambucus nigra L.). Total RNA was purified from infected leaves and, after ribodepletion, sequenced using an Illumina system. The RNA genome of viral isolate B15 is 12,622 nucleotides (nt) long, and that of isolate B42 is 12,621 nt long. A nearly complete sequence (12,592 nt) was also obtained for a third isolate (B160). The RNA genomes of all three isolates showed an organisation typical of cytorhabdoviruses, harbouring all six of the expected genes (3 &apos; N-P-P3-M-G-L 5 &apos;), separated by intergenic regions. These isolates were closely related to each other (99.5-99.6% nt sequence identity) and showed the highest overall similarity to trichosanthes associated rhabdovirus 1 (63.5% identity) and Wuhan insect virus 5 (58% identity), and similar results were obtained when comparing individual coding sequences or proteins. Phylogenetic analysis confirmed that this elderberry virus, for which we propose the name &quot;sambucus virus 1&quot; belongs to the genus Cytorhabdovirus and fulfils the criteria to represent a novel species.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10607 - Virology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/LD15048" target="_blank" >LD15048: Využití next generation sequencing ve studiu viromu ovocných dřevin</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    ARCHIVES OF VIROLOGY

  • ISSN

    0304-8608

  • e-ISSN

    1432-8798

  • Svazek periodika

    167

  • Číslo periodika v rámci svazku

    7

  • Stát vydavatele periodika

    AT - Rakouská republika

  • Počet stran výsledku

    4

  • Strana od-do

    1589-1592

  • Kód UT WoS článku

    000793012600001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85130038987