G4Killer web application: a tool to design G-quadruplex mutations

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62156489%3A43110%2F20%3A43917492" target="_blank" >RIV/62156489:43110/20:43917492 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/20:00539893 RIV/00216305:26210/20:PU136592

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa057" target="_blank" >https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa057</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa057" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btaa057</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

G4Killer web application: a tool to design G-quadruplex mutations

Popis výsledku v původním jazyce

Motivation: G-quadruplexes (G4) are important regulatory non-B DNA structures with therapeutic potential. A tool for rational design of mutations leading to decreased propensity for G4 formation should be useful in studying G4 functions. Although tools exist for G4 prediction, no easily accessible tool for the rational design of G4 mutations has been available. Results: We developed a web-based tool termed G4Killer that is based on the G4Hunter algorithm. This new tool is a platform-independent and user-friendly application to design mutations crippling G4 propensity in a parsimonious way (i.e., keeping the primary sequence as close as possible to the original one). The tool is integrated into our DNA analyzer server and allows for generating mutated DNA sequences having the desired lowered G4Hunter score with minimal mutation steps.

Název v anglickém jazyce

G4Killer web application: a tool to design G-quadruplex mutations

Popis výsledku anglicky

Motivation: G-quadruplexes (G4) are important regulatory non-B DNA structures with therapeutic potential. A tool for rational design of mutations leading to decreased propensity for G4 formation should be useful in studying G4 functions. Although tools exist for G4 prediction, no easily accessible tool for the rational design of G4 mutations has been available. Results: We developed a web-based tool termed G4Killer that is based on the G4Hunter algorithm. This new tool is a platform-independent and user-friendly application to design mutations crippling G4 propensity in a parsimonious way (i.e., keeping the primary sequence as close as possible to the original one). The tool is integrated into our DNA analyzer server and allows for generating mutated DNA sequences having the desired lowered G4Hunter score with minimal mutation steps.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Bioinformatics

ISSN

1367-4803

e-ISSN

—

Svazek periodika

36

Číslo periodika v rámci svazku

10

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

2

Strana od-do

3246-3247

Kód UT WoS článku

000537447900040

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85084694274