Software pro detekci virů ze snímků pořízených elektronovou mikroskopií a související metodické postupy

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62690094%3A18450%2F22%3A50019391" target="_blank" >RIV/62690094:18450/22:50019391 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Software pro detekci virů ze snímků pořízených elektronovou mikroskopií a související metodické postupy

Popis výsledku v původním jazyce

Softwarový nástroj umožňuje poloautomatizované zpracování souborů snímků z průzkumu vzorků skenovacím elektronovým mikroskopem do podoby ucelených map a jejich zpřístupnění a anotaci uživatelem ve webovém rozhraní. V mapě lze prezentovat též výsledky dalšího algoritmického zpracování dat dle zadání například vyznačit rozpoznané struktury. Nástroj usnadní prezentaci výsledků snímání zadavateli úlohy, kolaboraci nad získanými daty, nebo jejich další pohodlné sdílení. Implementován byl v období 8/2021-7/2022 jako součást modulárního software pro automatické vyhodnocování snímků biologických vzorků pořízených elektronovým mikroskopem, dokončeného v 7/2021 a již samostatně vedeného v OBD.

Název v anglickém jazyce

Software for the detection of viruses from electron microscopy images and related methodological procedures

Popis výsledku anglicky

The software tool enables semi-automated processing of scanning electron microscope image files into comprehensive maps and their accessibility and annotation by the user in a web interface. The map can also present the results of further algorithmic data processing according to the task, for example, to mark the detected structures. The tool facilitates the presentation of the scanning results to the assignor of the task, collaboration over the obtained data, or their further convenient sharing. It was implemented in the period 8/2021-7/2022 as part of the modular software for automatic evaluation of images of biological samples taken by electron microscope, completed in 7/2021 and already separately maintained in OBD.Translated with www.DeepL.com/Translator (free version)

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/TP01010032" target="_blank" >TP01010032: Oddělení tvůrčí činnosti a transferu znalostí Univerzity Hradec Králové</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

5676_Automatizace SEM

Technické parametry

Programovací jazyk: zejména Python, dále skriptovací jazyk NI VB. Možnost nasazení: kontejnerizační systém Docker Arichitektura: Oddělené mikroslužby, navrženo pro technickou škálovatelnost Použité technologie: Py4webm, PostgreSQL, ImageMagic, OpenCV, NI Vision Builder, Leaflet.js

Ekonomické parametry

Systém je vyvinut do stavu proof-of-concept. Pro komerční nasazení by bylo vhodné podrobit h odalšímu uživatelskému testování, testům specializovaným a výsledky testování implementovat. Lze předpokládat, že další provoz plně odladěného software v rozsahu stávajících funkcionalit nebude spojen s vysokou pracností ani s velkými nároky na provozní harwarovou insfrastrukturou. Na výpočetní infrastrukturu by mohlo být náročnější řešení případných budoucích pokročilých rozpoznávacích úloh. Výnosy mohou plynout ze smluvního výzkumu realizovaného na UHK s pomocí software, z jeho poskytování formou SAAS nebo licencováním uživatelům.

IČO vlastníka výsledku

62690094

Název vlastníka

Univerzita Hradec Králové