Analýza dlouhých nekódujících RNA v tkáni multiformního glioblastomu a jejich asociace s celkovým přežíváním

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F19%3A00070607" target="_blank" >RIV/65269705:_____/19:00070607 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/451.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/451.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Analýza dlouhých nekódujících RNA v tkáni multiformního glioblastomu a jejich asociace s celkovým přežíváním

Popis výsledku v původním jazyce

Východiska: Multiformní glioblastom (GBM) je nejčastějším primárním nádorem astrocytárního původu, charakterizován velmi nepříznivou prognózou a mediánem celkového přežívání (OS) pacientů jen přibližně 12-16 měsíců od stanovení diagnózy i navzdory dostupné konvenční terapii. Identifikace nových terapeutických cílů a prognostických a prediktivních biomarkerů pro preciznější stratifikaci pacientů je tedy mimořádně důležitá. Dlouhé nekódující RNA (lncRNA), regulátory genové exprese hrající roli ve fyziologických i patofyziologických procesech, jsou jedinými z vhodných kandidátů ke studiu. Materiál a metody: Naše studie zahrnovala 222 pacientů s GBM a 29 pacientů s intraktabilní epilepsií, kterým byla odebrána mozková tkáň z nedominantních předních temporálních kortexů bez dysplastických změn v rámci epileptochirurgického výkonu. Informovaný souhlas schválený lokální etickou komisí byl obdržen od každého pacienta. RNA (RIN &gt; 8) z 77 vzorků byla použita pro sekvenování nové generace (RNA-Seq). Následně bylo statisticky hodnocených 8 414 lncRNA a jejich sekvenčních variant s nenulovým RPKM (počet čtení na kilobázi na milion mapovaných čtení) alespoň v 1 vzorku. Pro mapování sekvencí na referenční genom a součet čtení byl využit CLC genomic workbench. Vybrané signifikantně dysregulované lncRNA mezi GBM a nenádorovými kontrolami byly analyzovány v nové kohortě 188 vzorků pomocí qRT-PCR a expresní data normalizovaná na expresi PPIA pak byla hodnocena pomocí Mann-Whitneyho analýzy. Výsledky: Statistická analýza odhalila 538 (p &lt; 0,001) dysregulovaných lncRNA. Exprese 10 vybraných lncRNA se sníženou expresí (SNAI3-AS1, LINC00882, RFPL1S, MIR137HG, TTLL7-IT1, PWAR6, LINC00634, LINC00632, DGCR5, LINC00982; logFC LESS-THAN OR EQUAL TO MINUS SIGN 2; p &lt; 0,001) a 1 lncRNA se zvýšenou expresí v GBM (BTN2A3P; logFC GREATER-THAN OR EQUAL TO 2; p &lt; 0,001) byla úspěšně validována pomocí qRT-PCR (p &lt; 0,0001). Statistická analýza odhalila taktéž 22 signifikatně dysregulovaných lncRNA mezi pacienty s OS &lt; 12 měsíců a pacienty s OS GREATER-THAN OR EQUAL TO 12 měsíců. Závěr: Pozorovali jsme signifikantní dysregulaci řady lncRNA v tkáni GBM v porovnání s nenádorovými kontrolami na základě RNA-Seq i qRT-PCR a nalezli 22 dysregulovaných lncRNA v souvislosti s celkovým přežíváním pacientů s GBM. Naše studie naznačuje, že lncRNA by mohly sloužit jako slibné diagnostické a prognostické biomarkery u GBM.

Název v anglickém jazyce

Analysis of long non-coding RNAs in glioblastoma multiforme tissue and their association with overall survival

Popis výsledku anglicky

Background: Glioblastoma multiforme (GBM) is the most common primary tumor of astrocytic origin, characterized by a very unfavorable prognosis and median overall survival (OS) of patients only approximately 12-16 months after diagnosis, despite the available conventional therapy. The identification of new therapeutic targets and prognostic and predictive biomarkers for more precise patient stratification is therefore extremely important. Long non-coding RNAs (lncRNAs), regulators of gene expression that play a role in both physiological and pathophysiological processes, are the only suitable candidates for study. Material and methods: Our study included 222 patients with GBM and 29 patients with intact epilepsy who had brain tissue removed from non-dominant anterior temporal cortex without dysplastic changes during epileptosurgery. Informed consent approved by the local ethics committee was obtained from each patient. RNA (RIN&gt; 8) from 77 samples was used for next generation sequencing (RNA-Seq). Subsequently, 8,414 lncRNAs and their sequence variants with non-zero RPKM (number of readings per kilobase per million mapped reads) were statistically evaluated in at least 1 sample. The CLC genomic workbench was used to map sequences to the reference genome and the sum of readings. Selected significantly dysregulated lncRNAs between GBM and non-tumor controls were analyzed in a new cohort of 188 samples by qRT-PCR, and expression data normalized to PPIA expression were then evaluated by Mann-Whitney analysis. Results: Statistical analysis revealed 538 (p &lt;0.001) dysregulated lncRNAs. Expression of 10 selected lncRNAs with reduced expression (SNAI3-AS1, LINC00882, RFPL1S, MIR137HG, TTLL7-IT1, PWAR6, LINC00634, LINC00632, DGCR5, LINC00982; logFC LESS-THAN OR EQUAL TO MINUS SIGN 2; 1 &lt;0.001) overexpressed in GBM (BTN2A3P; logFC GREATER-THAN OR EQUAL TO 2; p &lt;0.001) was successfully validated by qRT-PCR (p &lt;0.0001). Statistical analysis also revealed 22 significantly dysregulated lncRNAs among patients with OS &lt;12 months and patients with OS GREATER-THAN OR EQUAL TO 12 months. Conclusion: We observed significant dysregulation of a number of lncRNAs in GBM tissue compared to non-tumor controls based on both RNA-Seq and qRT-PCR and found 22 dysregulated lncRNAs in relation to the overall survival of patients with GBM. Our study suggests that lncRNAs could serve as promising diagnostic and prognostic biomarkers in GBM.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

30204 - Oncology

Projekt

<a href="/cs/project/NV18-03-00398" target="_blank" >NV18-03-00398: Rozšíření současných prognostických skórovacích systémů u mozkových metastáz o mikroRNA profilování s cílem individualizace pooperační péče</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů