Unveiling Diversity: Classification of Klebsiella Pneumoniae Plasmids from Long-read Assemblies

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F24%3A00080445" target="_blank" >RIV/65269705:_____/24:00080445 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216305:26220/24:PU152292

Výsledek na webu

<a href="https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-64636-2_24" target="_blank" >https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-64636-2_24</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-64636-2_24" target="_blank" >10.1007/978-3-031-64636-2_24</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Unveiling Diversity: Classification of Klebsiella Pneumoniae Plasmids from Long-read Assemblies

Popis výsledku v původním jazyce

Plasmids, integral to bacterial evolution, pose challenges in their genome classification due to incomplete assembly data. While next-generation sequencing has improved plasmid classification, challenges persist in accurately assembling complete plasmid genomes. This study presents a novel plasmid classification methodology based on complete genome similarity, utilizing three metrics: nucleotide composition, gene occurrence, and structural dissimilarity. Tested on a local Klebsiella pneumoniae population, the method outperforms pMLST and PlasmidFinder, distinguishing plasmids even in fusion cases. Applied across diverse bacterial populations, this reference-free approach proves adaptable, offering a valuable tool for monitoring plasmid mobility and diversity. Third-generation sequencing advancements provide a comprehensive understanding of plasmid dynamics, which is essential for addressing antibiotic resistance and bacterial pathogenicity.

Název v anglickém jazyce

Unveiling Diversity: Classification of Klebsiella Pneumoniae Plasmids from Long-read Assemblies

Popis výsledku anglicky

Plasmids, integral to bacterial evolution, pose challenges in their genome classification due to incomplete assembly data. While next-generation sequencing has improved plasmid classification, challenges persist in accurately assembling complete plasmid genomes. This study presents a novel plasmid classification methodology based on complete genome similarity, utilizing three metrics: nucleotide composition, gene occurrence, and structural dissimilarity. Tested on a local Klebsiella pneumoniae population, the method outperforms pMLST and PlasmidFinder, distinguishing plasmids even in fusion cases. Applied across diverse bacterial populations, this reference-free approach proves adaptable, offering a valuable tool for monitoring plasmid mobility and diversity. Third-generation sequencing advancements provide a comprehensive understanding of plasmid dynamics, which is essential for addressing antibiotic resistance and bacterial pathogenicity.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

30205 - Hematology

Projekt

<a href="/cs/project/GA23-05845S" target="_blank" >GA23-05845S: Určování infekčních hrozeb v reálném čase ze surových nanoporových signálů pomocí technik strojového učení</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Bioinformatics and Biomedical Engineering, PT II, IWBBIO 2024

ISBN

978-3-031-64636-2

ISSN

2366-6323

e-ISSN

1611-3349

Počet stran výsledku

15

Strana od-do

314-328

Název nakladatele

SPRINGER INTERNATIONAL PUBLISHING AG

Místo vydání

Cham

Místo konání akce

Meloneras

Datum konání akce

15. 7. 2024

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

001308622700024