Genetic basis of transcriptome differences between the founder strains of the rat HXB/BXH recombinant inbred panel

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985823%3A_____%2F12%3A00380089" target="_blank" >RIV/67985823:_____/12:00380089 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1186/gb-2012-13-4-r31" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1186/gb-2012-13-4-r31</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1186/gb-2012-13-4-r31" target="_blank" >10.1186/gb-2012-13-4-r31</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Genetic basis of transcriptome differences between the founder strains of the rat HXB/BXH recombinant inbred panel

Popis výsledku v původním jazyce

Using next generation sequencing, we generated a comprehensive inventory of genomic differences between the two founder strains of the rat HXB/BXH recombinant inbred panel: SHR/OlaIpcv and BN-Lx/Cub. We identified 3.2 million single nucleotide variants,425,924 small insertions and deletions, 907 copy number changes and 1,094 large structural genetic variants. RNA-sequencing analyses on liver tissue of the two strains identified 532 differentially expressed genes and 40 alterations in transcript structure. We identified both coding and non-coding variants that correlate with differential expression and alternative splicing. Furthermore, structural variants, in particular gene duplications, show a strong correlation with transcriptome alterations

Název v anglickém jazyce

Genetic basis of transcriptome differences between the founder strains of the rat HXB/BXH recombinant inbred panel

Popis výsledku anglicky

Using next generation sequencing, we generated a comprehensive inventory of genomic differences between the two founder strains of the rat HXB/BXH recombinant inbred panel: SHR/OlaIpcv and BN-Lx/Cub. We identified 3.2 million single nucleotide variants,425,924 small insertions and deletions, 907 copy number changes and 1,094 large structural genetic variants. RNA-sequencing analyses on liver tissue of the two strains identified 532 differentially expressed genes and 40 alterations in transcript structure. We identified both coding and non-coding variants that correlate with differential expression and alternative splicing. Furthermore, structural variants, in particular gene duplications, show a strong correlation with transcriptome alterations

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Genome Biology

ISSN

1474-7596

e-ISSN

—

Svazek periodika

13

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

17

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000308544700007

EID výsledku v databázi Scopus

—