Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985939%3A_____%2F16%3A00464568" target="_blank" >RIV/67985939:_____/16:00464568 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216208:11310/16:10330109

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.12487" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.12487</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.12487" target="_blank" >10.1111/1755-0998.12487</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Popis výsledku v původním jazyce

To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in nonmodel organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region. Despite a wide range of gene trees, the phylogeny based on the LCN genes was very robust, as retrieved through various gene and species tree reconstruction methods as well as concatenation. This indicates that organellar phylogenies alone are unlikely to represent the species tree and stresses the utility of Hyb-Seq in phylogenetics.

Název v anglickém jazyce

Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Popis výsledku anglicky

To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in nonmodel organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region. Despite a wide range of gene trees, the phylogeny based on the LCN genes was very robust, as retrieved through various gene and species tree reconstruction methods as well as concatenation. This indicates that organellar phylogenies alone are unlikely to represent the species tree and stresses the utility of Hyb-Seq in phylogenetics.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EF - Botanika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/EE2.3.30.0048" target="_blank" >EE2.3.30.0048: Integrace experimentální a populační biologie pomocí nových metod v mezioborové problematice - cesta k excellenci s mladými vědci</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Molecular Ecology Resources

ISSN

1755-098X

e-ISSN

—

Svazek periodika

16

Číslo periodika v rámci svazku

5

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

12

Strana od-do

1124-1135

Kód UT WoS článku

000383281400007

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-84983028433