DNA v reprezentaci fosforových atomů: heteronomní dvoušroubovice poly(dA)poly(dT) a poly(dG)poly(dC) a simulace genomu kvasinky a DNA lidského chromozómu

Kód výsledku v IS VaVaI

RIV/68081707:_____/05:00104648 - isvavai.cz

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/05:00373438

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

DNA in phosphorus atom representation: the heteronomous double helices of poly(dA)poly(dT) and poly(dG)poly(dC) and simulation of the yeast genome and of a human chromosome DNA

Popis výsledku v původním jazyce

We extracted phosphorus atom coordinates from the database of DNA crystal structures and calculated geometrical parameters needed to reproduce the crystal structures in the phosphorus atom representation. Using the geometrical parameters we wrote a pieceof software assigning the phosphorus atom coordinates to the DNA of any nucleotide sequence. The software demonstrates non-negligible influence of the primary structure on DNA helicity, which may stand behind the heteromonous double helices of poly(dA)poly(dT) and poly(dG) poly(dC). In addition, the software is so simple that it makes possible to simulate the "crystal" structures of not only viral DNAs, but also the whole genome of Saccharomyces cerevisiae as well as the DNA human chromosome 22 havingdozens of megabases in length.

Název v anglickém jazyce

DNA in phosphorus atom representation: the heteronomous double helices of poly(dA)poly(dT) and poly(dG)poly(dC) and simulation of the yeast genome and of a human chromosome DNA

Popis výsledku anglicky

We extracted phosphorus atom coordinates from the database of DNA crystal structures and calculated geometrical parameters needed to reproduce the crystal structures in the phosphorus atom representation. Using the geometrical parameters we wrote a pieceof software assigning the phosphorus atom coordinates to the DNA of any nucleotide sequence. The software demonstrates non-negligible influence of the primary structure on DNA helicity, which may stand behind the heteromonous double helices of poly(dA)poly(dT) and poly(dG) poly(dC). In addition, the software is so simple that it makes possible to simulate the "crystal" structures of not only viral DNAs, but also the whole genome of Saccharomyces cerevisiae as well as the DNA human chromosome 22 havingdozens of megabases in length.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

BO - Biofyzika

OECD FORD obor

—

Projekt

IAA1004201: Biofyzikální vlastnosti úseků (guanin+cytosin) a úseků (adenin+thymin) v molekulách DNA lidských chromozomů

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2005

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Theoretical Biology

ISSN

0022-5193

e-ISSN

—

Svazek periodika

232

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

83-91

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—