An RNA molecular switch: Intrinsic flexibility of 23S rRNA helices 40 and 68 5?-UAA/5?-GAN internal loops studied by molecular dynamics methods
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F10%3A00340907" target="_blank" >RIV/68081707:_____/10:00340907 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216224:14310/10:00043541
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
An RNA molecular switch: Intrinsic flexibility of 23S rRNA helices 40 and 68 5?-UAA/5?-GAN internal loops studied by molecular dynamics methods
Popis výsledku v původním jazyce
Functional RNA molecules such as ribosomal RNAs (rRNAs) frequently contain highly conserved internal loops with a 5'-UAA/5'-GAN (UAA/GAN) consensus sequence. We performed 3.1 us of explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations of the X-ray and NMRUAA/GAN structures, supplemented by molecular mechanics, Poisson-Boltzmann, and surface area free energy calculations; locally enhanced sampling (LES) runs; targeted MD (TMD); and nudged elastic band (NEB) analysis. We compared parm99 and parmbsc0 forcefields and net-neutralizing Na+ versus excess salt KCl ion environments.
Název v anglickém jazyce
An RNA molecular switch: Intrinsic flexibility of 23S rRNA helices 40 and 68 5?-UAA/5?-GAN internal loops studied by molecular dynamics methods
Popis výsledku anglicky
Functional RNA molecules such as ribosomal RNAs (rRNAs) frequently contain highly conserved internal loops with a 5'-UAA/5'-GAN (UAA/GAN) consensus sequence. We performed 3.1 us of explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations of the X-ray and NMRUAA/GAN structures, supplemented by molecular mechanics, Poisson-Boltzmann, and surface area free energy calculations; locally enhanced sampling (LES) runs; targeted MD (TMD); and nudged elastic band (NEB) analysis. We compared parm99 and parmbsc0 forcefields and net-neutralizing Na+ versus excess salt KCl ion environments.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
AQ - Bezpečnost a ochrana zdraví, člověk – stroj
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2010
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Chemical Theory and Computation
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
6
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
20
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000275189400029
EID výsledku v databázi Scopus
—