Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Towards biochemically relevant QM computations on nucleic acids: controlled electronic structure geometry optimization of nucleic acid structural motifs using penalty restraint functions

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F15%3A00442416" target="_blank" >RIV/68081707:_____/15:00442416 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14740/15:00080645

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1039/c4cp04680c" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1039/c4cp04680c</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1039/c4cp04680c" target="_blank" >10.1039/c4cp04680c</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Towards biochemically relevant QM computations on nucleic acids: controlled electronic structure geometry optimization of nucleic acid structural motifs using penalty restraint functions

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Recent developments in dispersion-corrected density functional theory methods allow for the first time the description of large fragments of nucleic acids (hundreds of atoms) with an accuracy clearly surpassing the accuracy of common biomolecular force fields. Such calculations can significantly improve the description of the potential energy surface of nucleic acid molecules, which may be useful for studies of molecular interactions and conformational preferences of nucleic acids, as well as verification and parameterization of other methods. The first of such studies, however, demonstrated that successful applications of accurate QM calculations to larger nucleic acid building blocks are hampered by difficulties in obtaining geometries that are biochemically relevant and are not biased by non-native structural features. We present an approach that can greatly facilitate large-scale QM studies on nucleic acids, namely electronic structure geometry optimization of nucleic acid fragment

  • Název v anglickém jazyce

    Towards biochemically relevant QM computations on nucleic acids: controlled electronic structure geometry optimization of nucleic acid structural motifs using penalty restraint functions

  • Popis výsledku anglicky

    Recent developments in dispersion-corrected density functional theory methods allow for the first time the description of large fragments of nucleic acids (hundreds of atoms) with an accuracy clearly surpassing the accuracy of common biomolecular force fields. Such calculations can significantly improve the description of the potential energy surface of nucleic acid molecules, which may be useful for studies of molecular interactions and conformational preferences of nucleic acids, as well as verification and parameterization of other methods. The first of such studies, however, demonstrated that successful applications of accurate QM calculations to larger nucleic acid building blocks are hampered by difficulties in obtaining geometries that are biochemically relevant and are not biased by non-native structural features. We present an approach that can greatly facilitate large-scale QM studies on nucleic acids, namely electronic structure geometry optimization of nucleic acid fragment

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    BO - Biofyzika

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2015

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Physical Chemistry Chemical Physics

  • ISSN

    1463-9076

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    17

  • Číslo periodika v rámci svazku

    2

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    1399-1410

  • Kód UT WoS článku

    000346236000078

  • EID výsledku v databázi Scopus