Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Structural dynamics of propeller loop: towards folding of RNA G-quadruplex

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F18%3A00502419" target="_blank" >RIV/68081707:_____/18:00502419 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/61989592:15310/18:73590979

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky712" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky712</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky712" target="_blank" >10.1093/nar/gky712</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Structural dynamics of propeller loop: towards folding of RNA G-quadruplex

  • Popis výsledku v původním jazyce

    We have carried out an extended set of standard and enhanced-sampling MD simulations (for a cumulative simulation time of 620 mu s) with the aim to study folding landscapes of the rGGGUUAGGG and rGGGAGGG parallel G-hairpins (PH) with propeller loop. We identify folding and unfolding pathways of the PH, which is bridged with the unfolded state via an ensemble of cross-like structures (CS) possessing mutually tilted or perpendicular G-strands interacting via guanine-guanine H-bonding. The oligonucleotides reach the PH conformation from the unfolded state via a conformational diffusion through the folding landscape, i.e. as a series of rearrangements of the H-bond interactions starting from compacted anti-parallel hairpin-like structures. Although isolated PHs do not appear to be thermodynamically stable we suggest that CS and PH-types of structures are sufficiently populated during RNA guanine quadruplex (GQ) folding within the context of complete GQ-forming sequences. These structures may participate in compact coil-like ensembles that involve all four G-strands and already some bound ions. Such ensembles can then rearrange into the fully folded parallel GQs via conformational diffusion. We propose that the basic atomistic folding mechanism of propeller loops suggested in this work may be common for their formation in RNA and DNA GQs.

  • Název v anglickém jazyce

    Structural dynamics of propeller loop: towards folding of RNA G-quadruplex

  • Popis výsledku anglicky

    We have carried out an extended set of standard and enhanced-sampling MD simulations (for a cumulative simulation time of 620 mu s) with the aim to study folding landscapes of the rGGGUUAGGG and rGGGAGGG parallel G-hairpins (PH) with propeller loop. We identify folding and unfolding pathways of the PH, which is bridged with the unfolded state via an ensemble of cross-like structures (CS) possessing mutually tilted or perpendicular G-strands interacting via guanine-guanine H-bonding. The oligonucleotides reach the PH conformation from the unfolded state via a conformational diffusion through the folding landscape, i.e. as a series of rearrangements of the H-bond interactions starting from compacted anti-parallel hairpin-like structures. Although isolated PHs do not appear to be thermodynamically stable we suggest that CS and PH-types of structures are sufficiently populated during RNA guanine quadruplex (GQ) folding within the context of complete GQ-forming sequences. These structures may participate in compact coil-like ensembles that involve all four G-strands and already some bound ions. Such ensembles can then rearrange into the fully folded parallel GQs via conformational diffusion. We propose that the basic atomistic folding mechanism of propeller loops suggested in this work may be common for their formation in RNA and DNA GQs.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2018

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Nucleic Acids Research

  • ISSN

    0305-1048

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    46

  • Číslo periodika v rámci svazku

    17

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    18

  • Strana od-do

    8754-8771

  • Kód UT WoS článku

    000450952000015

  • EID výsledku v databázi Scopus