Fitting Corrections to an RNA Force Field Using Experimental Data

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F19%3A00509872" target="_blank" >RIV/68081707:_____/19:00509872 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61989592:15310/19:73597588

Výsledek na webu

<a href="https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b00206" target="_blank" >https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b00206</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00206" target="_blank" >10.1021/acs.jctc.9b00206</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Fitting Corrections to an RNA Force Field Using Experimental Data

Popis výsledku v původním jazyce

Empirical force fields for biomolecular systems are usually derived from quantum chemistry calculations and validated against experimental data. We here show how it is possible to refine the full dihedral-angle potential of the Amber RNA force field by using solution NMR data as well as stability of known structural motifs. The procedure can be used to mix multiple systems and heterogeneous experimental information and crucially depends on a regularization term chosen with a cross-validation procedure. By fitting corrections to the dihedral angles on the order of less than 1 kJ/mol per angle, it is possible to increase the stability of difficult-to-fold RNA tetraloops by more than 1 order of magnitude.

Název v anglickém jazyce

Fitting Corrections to an RNA Force Field Using Experimental Data

Popis výsledku anglicky

Empirical force fields for biomolecular systems are usually derived from quantum chemistry calculations and validated against experimental data. We here show how it is possible to refine the full dihedral-angle potential of the Amber RNA force field by using solution NMR data as well as stability of known structural motifs. The procedure can be used to mix multiple systems and heterogeneous experimental information and crucially depends on a regularization term chosen with a cross-validation procedure. By fitting corrections to the dihedral angles on the order of less than 1 kJ/mol per angle, it is possible to increase the stability of difficult-to-fold RNA tetraloops by more than 1 order of magnitude.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10403 - Physical chemistry

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

15

Číslo periodika v rámci svazku

6

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

3425-3431

Kód UT WoS článku

000471728500001

EID výsledku v databázi Scopus

—