Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

What Can Long Terminal Repeats Tell Us About the Age of LTR Retrotransposons, Gene Conversion and Ectopic Recombination?

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F20%3A00539877" target="_blank" >RIV/68081707:_____/20:00539877 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14330/20:00118966

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2020.00644/full" target="_blank" >https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2020.00644/full</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2020.00644" target="_blank" >10.3389/fpls.2020.00644</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    What Can Long Terminal Repeats Tell Us About the Age of LTR Retrotransposons, Gene Conversion and Ectopic Recombination?

  • Popis výsledku v původním jazyce

    LTR retrotransposons constitute a significant part of plant genomes and their evolutionary dynamics play an important role in genome size changes. Current methods of LTR retrotransposon age estimation are based only on LTR (long terminal repeat) divergence. This has prompted us to analyze sequence similarity of LTRs in 25,144 LTR retrotransposons from fifteen plant species as well as formation of solo LTRs. We found that approximately one fourth of nested retrotransposons showed a higher LTR divergence than the pre-existing retrotransposons into which they had been inserted. Moreover, LTR similarity was correlated with LTR length. We propose that gene conversion can contribute to this phenomenon. Gene conversion prediction in LTRs showed potential converted regions in 25% of LTR pairs. Gene conversion was higher in species with smaller genomes while the proportion of solo LTRs did not change with genome size in analyzed species. The negative correlation between the extent of gene conversion and the abundance of solo LTRs suggests interference between gene conversion and ectopic recombination. Since such phenomena limit the traditional methods of LTR retrotransposon age estimation, we recommend an improved approach based on the exclusion of regions affected by gene conversion.

  • Název v anglickém jazyce

    What Can Long Terminal Repeats Tell Us About the Age of LTR Retrotransposons, Gene Conversion and Ectopic Recombination?

  • Popis výsledku anglicky

    LTR retrotransposons constitute a significant part of plant genomes and their evolutionary dynamics play an important role in genome size changes. Current methods of LTR retrotransposon age estimation are based only on LTR (long terminal repeat) divergence. This has prompted us to analyze sequence similarity of LTRs in 25,144 LTR retrotransposons from fifteen plant species as well as formation of solo LTRs. We found that approximately one fourth of nested retrotransposons showed a higher LTR divergence than the pre-existing retrotransposons into which they had been inserted. Moreover, LTR similarity was correlated with LTR length. We propose that gene conversion can contribute to this phenomenon. Gene conversion prediction in LTRs showed potential converted regions in 25% of LTR pairs. Gene conversion was higher in species with smaller genomes while the proportion of solo LTRs did not change with genome size in analyzed species. The negative correlation between the extent of gene conversion and the abundance of solo LTRs suggests interference between gene conversion and ectopic recombination. Since such phenomena limit the traditional methods of LTR retrotransposon age estimation, we recommend an improved approach based on the exclusion of regions affected by gene conversion.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10611 - Plant sciences, botany

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA18-00258S" target="_blank" >GA18-00258S: Úloha transposonů v dynamice rostlinných genomů</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Frontiers in Plant Science

  • ISSN

    1664-462X

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    11

  • Číslo periodika v rámci svazku

    MAY 20 2020

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    15

  • Strana od-do

    644

  • Kód UT WoS článku

    000539212800001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85085877616