Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Structural and dynamic effects of pseudouridine modifications on noncanonical interactions in RNA

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F23%3A00574517" target="_blank" >RIV/68081707:_____/23:00574517 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14740/23:00130997

  • Výsledek na webu

    <a href="https://rnajournal.cshlp.org/content/29/6/790" target="_blank" >https://rnajournal.cshlp.org/content/29/6/790</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1261/rna.079506.122" target="_blank" >10.1261/rna.079506.122</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Structural and dynamic effects of pseudouridine modifications on noncanonical interactions in RNA

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Pseudouridine is the most frequently naturally occurring RNA modification, found in all classes of biologically functional RNAs. Compared to uridine, pseudouridine contains an additional hydrogen bond donor group and is therefore widely regarded as a structure stabilizing modification. However, the effects of pseudouridine modifications on the structure and dynamics of RNAs have so far only been investigated in a limited number of different structural contexts. Here, we introduced pseudouridine modifications into the U-turn motif and the adjacent U:U closing base pair of the neomycin-sensing riboswitch (NSR)-an extensively characterized model system for RNA structure, ligand binding, and dynamics. We show that the effects of replacing specific uridines with pseudouridines on RNA dynamics crucially depend on the exact location of the replacement site and can range from destabilizing to locally or even globally stabilizing. By using a combination of NMR spectroscopy, MD simulations and QM calculations, we rationalize the observed effects on a structural and dynamical level. Our results will help to better understand and predict the consequences of pseudouridine modifications on the structure and function of biologically important RNAs.

  • Název v anglickém jazyce

    Structural and dynamic effects of pseudouridine modifications on noncanonical interactions in RNA

  • Popis výsledku anglicky

    Pseudouridine is the most frequently naturally occurring RNA modification, found in all classes of biologically functional RNAs. Compared to uridine, pseudouridine contains an additional hydrogen bond donor group and is therefore widely regarded as a structure stabilizing modification. However, the effects of pseudouridine modifications on the structure and dynamics of RNAs have so far only been investigated in a limited number of different structural contexts. Here, we introduced pseudouridine modifications into the U-turn motif and the adjacent U:U closing base pair of the neomycin-sensing riboswitch (NSR)-an extensively characterized model system for RNA structure, ligand binding, and dynamics. We show that the effects of replacing specific uridines with pseudouridines on RNA dynamics crucially depend on the exact location of the replacement site and can range from destabilizing to locally or even globally stabilizing. By using a combination of NMR spectroscopy, MD simulations and QM calculations, we rationalize the observed effects on a structural and dynamical level. Our results will help to better understand and predict the consequences of pseudouridine modifications on the structure and function of biologically important RNAs.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA23-05639S" target="_blank" >GA23-05639S: Molekulové simulace RNA: od statických struktur k molekulárním souborům</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2023

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    RNA

  • ISSN

    1355-8382

  • e-ISSN

    1469-9001

  • Svazek periodika

    29

  • Číslo periodika v rámci svazku

    6

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    18

  • Strana od-do

    790-807

  • Kód UT WoS článku

    000989437200007

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85159738407