Délková distribuce retroelementů LINE a procesovaných pseudogenů lidských endogenních retrovirů: implikace pro retrotranspozici a detekci pseudogenů
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F02%3A00108985" target="_blank" >RIV/68378050:_____/02:00108985 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Length distribution of long interspersed nuclear elements (LINEs) and processed pseudogenes of human endogenous retroviruses: implications for retrotransposition and pseudogene detection
Popis výsledku v původním jazyce
We have analyzed the length distribution of LINEs and of processed pseudogenes derived from HERV-W. As expected, we have found that the majority of 5´ truncated LINEs and HERV-W processed pseudogenes show a prevalence of very short elements terminated close to the 3´ end. On the other hand, the number of complete elements is far above the expectation. The characteristic distribution in both cases indicates two important conclusions: (i) dissociation of LINE RT from the template cannot be fully explainedby low processivity of RT modelled as a stochastic, Poisson-type process. (ii) Currently cited numbers of pseudogenes within the human genome are underestimated, since a large percentage of pseudogenes are terminated in the 3´ untranslated region and remain undetectable in translated homology searches of protein databases against the human genome
Název v anglickém jazyce
Length distribution of long interspersed nuclear elements (LINEs) and processed pseudogenes of human endogenous retroviruses: implications for retrotransposition and pseudogene detection
Popis výsledku anglicky
We have analyzed the length distribution of LINEs and of processed pseudogenes derived from HERV-W. As expected, we have found that the majority of 5´ truncated LINEs and HERV-W processed pseudogenes show a prevalence of very short elements terminated close to the 3´ end. On the other hand, the number of complete elements is far above the expectation. The characteristic distribution in both cases indicates two important conclusions: (i) dissociation of LINE RT from the template cannot be fully explainedby low processivity of RT modelled as a stochastic, Poisson-type process. (ii) Currently cited numbers of pseudogenes within the human genome are underestimated, since a large percentage of pseudogenes are terminated in the 3´ untranslated region and remain undetectable in translated homology searches of protein databases against the human genome
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA204%2F01%2F0632" target="_blank" >GA204/01/0632: Vzorec methylace DNA regulačních sekvencí retrovirů</a><br>
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2002
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Gene
ISSN
0378-1119
e-ISSN
—
Svazek periodika
300
Číslo periodika v rámci svazku
1-2
Stát vydavatele periodika
NL - Nizozemsko
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
246-249
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—