Endogenous lentivirus in Malayan colugo (Galeopterus variegatus), a close relative of primates
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F14%3A00441030" target="_blank" >RIV/68378050:_____/14:00441030 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1186/s12977-014-0084-x" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1186/s12977-014-0084-x</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1186/s12977-014-0084-x" target="_blank" >10.1186/s12977-014-0084-x</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Endogenous lentivirus in Malayan colugo (Galeopterus variegatus), a close relative of primates
Popis výsledku v původním jazyce
Background: A significant fraction of mammalian genomes is composed of endogenous retroviral (ERV) sequences that are formed by germline infiltration of various retroviruses. In contrast to other retroviral genera, lentiviruses only rarely form ERV copies. We performed a computational search aimed at identification of novel endogenous lentiviruses in vertebrate genomes.Findings: Using the in silico strategy, we have screened 104 publicly available vertebrate genomes for the presence of endogenous lentivirus sequences. In addition to the previously described cases, the search revealed the presence of endogenous lentivirus in the genome of Malayan colugo (Galeopterus variegatus). At least three complete copies of this virus, denoted ELVgv, were detectedin the colugo genome, and approximately one hundred solo LTR sequences. The assembled consensus sequence of ELVgv had typical lentivirus genome organization including three predicted accessory genes. Phylogenetic analysis placed this viru
Název v anglickém jazyce
Endogenous lentivirus in Malayan colugo (Galeopterus variegatus), a close relative of primates
Popis výsledku anglicky
Background: A significant fraction of mammalian genomes is composed of endogenous retroviral (ERV) sequences that are formed by germline infiltration of various retroviruses. In contrast to other retroviral genera, lentiviruses only rarely form ERV copies. We performed a computational search aimed at identification of novel endogenous lentiviruses in vertebrate genomes.Findings: Using the in silico strategy, we have screened 104 publicly available vertebrate genomes for the presence of endogenous lentivirus sequences. In addition to the previously described cases, the search revealed the presence of endogenous lentivirus in the genome of Malayan colugo (Galeopterus variegatus). At least three complete copies of this virus, denoted ELVgv, were detectedin the colugo genome, and approximately one hundred solo LTR sequences. The assembled consensus sequence of ELVgv had typical lentivirus genome organization including three predicted accessory genes. Phylogenetic analysis placed this viru
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LK11215" target="_blank" >LK11215: Regulace aktivních endogenních retrovirů v savčím genomu</a><br>
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Retrovirology
ISSN
1742-4690
e-ISSN
—
Svazek periodika
11
Číslo periodika v rámci svazku
84
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000344509200001
EID výsledku v databázi Scopus
—