Virtuální screening

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F17%3A00502622" target="_blank" >RIV/68378050:_____/17:00502622 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/60461373:22330/09:00022338 RIV/60461373:22310/17:43914581

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Virtuální screening

Popis výsledku v původním jazyce

Dominantní technikou pro identifikaci potenciálních léčiv je fyzikální screening velkých knihoven chemikálií proti biologickému cíli (high-throughput screening, HTS). Alternativní přístup, známý jako virtuální screening, je navržen tak, aby počítačově testovat velké knihovny chemikálií na sloučeniny, které doplňují cíle o známé struktuře, a experimentálně testovat ty, u kterých se předpokládá, že se budou dobře vázat. Existují dvě kategorie technik virtuálního screeningu: přístupy založené na ligandu a na struktuře. Metody založené na ligandu používají pouze informace o těch ligandech, o kterých je známo, že jsou aktivní proti danému cíli. Příklady přístupů založených na ligandech jsou vyhledávání podobností nebo modelování farmakoforů. Virtuální screening založený na struktuře vyžaduje znalost 3D struktury cílového proteinu. Typická metoda založená na struktuře je tzv. Docking, který se snaží předpovědět vazebnou afinitu mezi ligandem a jeho cílem. V tomto článku přinášíme přehled o virtuálních screeningových přístupech založených na ligandu a struktuře a diskutujeme o jejich omezení v molekulárním designu podporovaném počítačem. Vybrané metody jsou podrobněji popsány v některých dalších článcích tohoto vydání Chemických listů.

Název v anglickém jazyce

Virtual Screening

Popis výsledku anglicky

The dominant technique for the identification of potential drugs is the physical screening of large libraries of chemicals against a biological target (high-throughput screening, HTS). An alternative approach, known as virtual screening, is designed to computationally screen large libraries of chemicals for compounds that complement targets of known structure and experimentally test those that are predicted to bind well. There are two broad categories of virtual screening techniques: the ligand-based and the structure-based approaches. Ligand-based methods use only the information about those ligands that are known to be active against a given target. Examples of ligand-based approaches are similarity search or pharmacophore modelling. Structure-based virtual screening requires the knowledge of 3D structure of target protein. A typical structure-based method is the so called docking that tries to predict the binding affinity between a ligand and its target. In this contribution, we provide an overview of both ligand- and structure-based virtual screening approaches and discuss their limitations in computer-aided molecular design. Selected methods are described in more detail in some other papers of this issue of Chemické listy.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/LO1220" target="_blank" >LO1220: CZ-OPENSCREEN: Národní infrastruktura chemické biologie</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Chemické listy

ISSN

0009-2770

e-ISSN

—

Svazek periodika

111

Číslo periodika v rámci svazku

11

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

738-746

Kód UT WoS článku

000418342800006

EID výsledku v databázi Scopus

—