Solving the DNA Fragment Assembly Problem Efficiently Using Iterative Optimization with Evolved Hypermutations

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21230%2F10%3A00171004" target="_blank" >RIV/68407700:21230/10:00171004 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Solving the DNA Fragment Assembly Problem Efficiently Using Iterative Optimization with Evolved Hypermutations

Popis výsledku v původním jazyce

The paper presents a successful application of an evolutionary based iterative optimization method called Prototype Optimization with Evolved Improvement Steps (POEMS) to the DNA fragment assembly problem. The DNA fragment assembly problem, known to be NP-hard, is of great importance as it constitutes an important step in the genome project. The POEMS is an iterative algorithm that employs an evolutionary algorithm for exploration of the current solution's neighborhood in each iteration of the optimization process. Experiments show that the proposed POEMS approach performs very well and generates better results than those generated by other state-of-the-art methods.

Název v anglickém jazyce

Solving the DNA Fragment Assembly Problem Efficiently Using Iterative Optimization with Evolved Hypermutations

Popis výsledku anglicky

The paper presents a successful application of an evolutionary based iterative optimization method called Prototype Optimization with Evolved Improvement Steps (POEMS) to the DNA fragment assembly problem. The DNA fragment assembly problem, known to be NP-hard, is of great importance as it constitutes an important step in the genome project. The POEMS is an iterative algorithm that employs an evolutionary algorithm for exploration of the current solution's neighborhood in each iteration of the optimization process. Experiments show that the proposed POEMS approach performs very well and generates better results than those generated by other state-of-the-art methods.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

JC - Počítačový hardware a software

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of the 12th annual conference comp on Genetic and evolutionary computation

ISBN

978-1-4503-0073-5

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

2

Strana od-do

—

Název nakladatele

ACM

Místo vydání

New York

Místo konání akce

Portland, Oregon

Datum konání akce

7. 7. 2010

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—