The Finite Automata Approaches for Bioinformatics
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21240%2F12%3A00195772" target="_blank" >RIV/68407700:21240/12:00195772 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
The Finite Automata Approaches for Bioinformatics
Popis výsledku v původním jazyce
Stringology is a computer science on string and sequence processing. Finite automata can solve efficiently many tasks in stringology. An overview of four approaches of the finite automata use in stringology is presented: deterministic finite automaton, deterministic simulation of nondeterministic finite automaton, finite automaton as a model of computation, and compositions of finite automata solutions. The way the finite automata can process strings build over more complex alphabet than just single symbols (degenerate symbols, strings, variables) is also shown. Those approaches and complex alphabet use are demonstrated in various tasks of bioinformatics. The tasks work with sequences on various alphabets: DNA, RNA, amino acids. The searched patterns may be explicitly defined or may be defined by their properties. Some patterns may allow errors some must match exactly. Some pattern symbols may match exactly one symbol, some may match a subset of alphabet as they were not read exactly o
Název v anglickém jazyce
The Finite Automata Approaches for Bioinformatics
Popis výsledku anglicky
Stringology is a computer science on string and sequence processing. Finite automata can solve efficiently many tasks in stringology. An overview of four approaches of the finite automata use in stringology is presented: deterministic finite automaton, deterministic simulation of nondeterministic finite automaton, finite automaton as a model of computation, and compositions of finite automata solutions. The way the finite automata can process strings build over more complex alphabet than just single symbols (degenerate symbols, strings, variables) is also shown. Those approaches and complex alphabet use are demonstrated in various tasks of bioinformatics. The tasks work with sequences on various alphabets: DNA, RNA, amino acids. The searched patterns may be explicitly defined or may be defined by their properties. Some patterns may allow errors some must match exactly. Some pattern symbols may match exactly one symbol, some may match a subset of alphabet as they were not read exactly o
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
IN - Informatika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA201%2F09%2F0807" target="_blank" >GA201/09/0807: Analýza a zpracování řetězců a stromů</a><br>
Návaznosti
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2012
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Proceedings of 22nd Theorietag Automata and Formal Languages
ISBN
978-80-7378-221-4
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
2
Strana od-do
1-2
Název nakladatele
Matfyzpress
Místo vydání
Praha
Místo konání akce
Praha
Datum konání akce
3. 10. 2012
Typ akce podle státní příslušnosti
EUR - Evropská akce
Kód UT WoS článku
—