Approximate String Matching for Self-Indexes

Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21240%2F16%3A00241716" target="_blank" >RIV/68407700:21240/16:00241716 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—

Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Approximate String Matching for Self-Indexes
Popis výsledku v původním jazyce
Self-index is a data structure that allows to find all exact occurrences of given pattern of length $m$ in $m$ steps. The paper presents an approach how to use self-index for approximate string matching with no more than $k$~differences (given by Hamming or Levenshtein distance). Our approach solution uses filtering based on the pigeonhole principle. For implementation we have selected FM-index. Our program is faster than BLAST for large texts (hundreds of MB) and more space efficient for shorter texts.
Název v anglickém jazyce
Approximate String Matching for Self-Indexes
Popis výsledku anglicky
Self-index is a data structure that allows to find all exact occurrences of given pattern of length $m$ in $m$ steps. The paper presents an approach how to use self-index for approximate string matching with no more than $k$~differences (given by Hamming or Levenshtein distance). Our approach solution uses filtering based on the pigeonhole principle. For implementation we have selected FM-index. Our program is faster than BLAST for large texts (hundreds of MB) and more space efficient for shorter texts.

Projekt
<a href="/cs/project/GA13-03253S" target="_blank" >GA13-03253S: Zpracování textových a stromových struktur a jejich aplikace</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Podobné výsledky(10)