MassSpecBlocks

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21240%2F21%3A00351861" target="_blank" >RIV/68407700:21240/21:00351861 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.1186/s13321-021-00530-2" target="_blank" >https://doi.org/10.1186/s13321-021-00530-2</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

MassSpecBlocks

Popis výsledku v původním jazyce

MassSpecBlocks is an open-source and web-based tool that converts the input chemical structures of nonribosomal peptides and polyketides in SMILES format into sequences of building blocks (proteinogenic and non-proteinogenic amino acids, N- and C-methylated residues, N-formylated residues, hydroxy acids, residues with N-terminally attached fatty acid chains, chromophores, etc.). The structures can be searched in public databases PubChem, ChemSpider, ChEBI, NP Atlas, COCONUT, and Norine and edited in a user-friendly graphical interface. MassSpecBlocks enables easy construction of custom sequence and building block databases, which can be used to annotate mass spectra in CycloBranch open-source software. However, MassSpecBlocks also serve as a stand-alone database. MassSpecBlocks is available online or can be installed entirely offline on a local computer.

Název v anglickém jazyce

MassSpecBlocks

Popis výsledku anglicky

MassSpecBlocks is an open-source and web-based tool that converts the input chemical structures of nonribosomal peptides and polyketides in SMILES format into sequences of building blocks (proteinogenic and non-proteinogenic amino acids, N- and C-methylated residues, N-formylated residues, hydroxy acids, residues with N-terminally attached fatty acid chains, chromophores, etc.). The structures can be searched in public databases PubChem, ChemSpider, ChEBI, NP Atlas, COCONUT, and Norine and edited in a user-friendly graphical interface. MassSpecBlocks enables easy construction of custom sequence and building block databases, which can be used to annotate mass spectra in CycloBranch open-source software. However, MassSpecBlocks also serve as a stand-alone database. MassSpecBlocks is available online or can be installed entirely offline on a local computer.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

MassSpecBlocks

Technické parametry

Výstupem je webová aplikace s otevřeným zdrojovým kódem. Aplikace je multiplatformní a může být používána on-line nebo instalována lokálně na libovolném počítači splňujícím minimální kritéria (PHP 7.2.5, MySQL 8 (MariaDB 10), Node.js 15.14.0).

Ekonomické parametry

Aplikace v kombinaci se softwarem CycloBranch umožňuje zjednodušit a urychlit analýzu hmotnostních spekter neribozomálních peptidů a polyketidů. Aplikace zároveň slouží jako samostatná databáze sekvencí těchto látek a jejich stavebních kamenů.

IČO vlastníka výsledku

68407700

Název vlastníka

České vysoké učení technické v Praze / FIT / 18100 / katedra softwarového inženýrství