Upřesňování: nezbytný nástroj při studiu vazeb komplexů proteinů s ligandy

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21340%2F22%3A00360992" target="_blank" >RIV/68407700:21340/22:00360992 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Upřesňování: nezbytný nástroj při studiu vazeb komplexů proteinů s ligandy

Popis výsledku v původním jazyce

Rentgenová strukturní analýza umožňuje studovat vazby mezi ligandem a proteinem na atomární úrovni, čímž může nejen významně přispět k objasnění funkce studovaného proteinu, ale i identifikovat jeho potenciální inhibitory. Tato práce se věnovala dvěma komplexům ligandu s nukleasou ze Stenotrophomonas maltophilia. Především pak upřesňování strukturních modelů a vlivu upřesňování na nalezení pozice ligandu v aktivním místě této nukleasy. Postupným upřesňováním strukturních modelů bylo možné přesněji identifikovat místo a způsob navázání studovaných ligandů. Přesné určení pozice modelovaného ligandu v aktivním místě bylo diskutováno pomocí map elektronové hustoty vypočtených několika způsoby a vzhledem k pozorovaným interakcím mezi ligandem a vazebným místem nukleasy.

Název v anglickém jazyce

Refinement: necessary tool for studies of complexes of proteins with ligands

Popis výsledku anglicky

X-ray structural analysis allows the study of ligand-protein binding at the atomic level, which can not only contribute significantly to the elucidation of the function of the protein under study, but also identify potential inhibitors. This work focused on two ligand-nuclease complexes from Stenotrophomonas maltophilia. In particular, the refinement of structural models and the effect of refinement on finding the position of the ligand in the active site of this nuclease. By progressive refinement of the structural models, it was possible to identify more precisely the site and mode of binding of the ligands studied. The exact position of the modelled ligand in the active site was discussed using electron density maps calculated in several ways and in relation to the observed interactions between the ligand and the nuclease binding site.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10302 - Condensed matter physics (including formerly solid state physics, supercond.)

Projekt

<a href="/cs/project/EF16_019%2F0000778" target="_blank" >EF16_019/0000778: Centrum pokročilých aplikovaných přírodních věd</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Sborník příspěvků 11. studentské vědecké konference fyziky pevných látek a materiálů

ISBN

978-80-01-07079-6

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

52-56

Název nakladatele

katedra inženýrství pevných látek

Místo vydání

Praha

Místo konání akce

Praha, FJFI

Datum konání akce

12. 9. 2022

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—