Molekulární epidemiologie tuberkulózy v hlavním městě Praha v letech 2013 a 2014

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F18%3A00012222" target="_blank" >RIV/75010330:_____/18:00012222 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2018-2-5/molekularni-epidemiologie-tuberkulozy-v-hlavnim-meste-praha-v-letech-2013-a-2014-104981" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2018-2-5/molekularni-epidemiologie-tuberkulozy-v-hlavnim-meste-praha-v-letech-2013-a-2014-104981</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Molekulární epidemiologie tuberkulózy v hlavním městě Praha v letech 2013 a 2014

Popis výsledku v původním jazyce

Cíl práce: Fylogenetická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis metodou MIRU-VNTR a jejich zařazení do jednotlivých linií a sublinií. Materiál a metodiky: DNA 132 kmenů M. tuberculosis získaných od pacientů z hlavního města Praha v roce 2013 a 2014. Byla použita metoda MIRU-VNTR. Kmeny byly webovým softwarem MIRU-VNTRplus identifikovány a zařazeny do geneticky příbuzných skupin. Výsledky: Nejčastější výskyt onemocnění tuberkulózou v populaci byl prokázán u mužů mezi 45. až 54. rokem. Získané kmeny M. tuberculosis se vyznačují vysokou polymorfií v počtu repetitivních sekvencí. Identifikovány byly tři globální linie: 1 - Indo-Oceánská, 2 - Východo-Asijská a 4 - Euro-Americká, zastoupená 85,6 % kmenů, ke které bylo přiřazeno 9 sublinií: Haarlem (40,9 %), H37Rv (25,8 %), S, Cameroon, LAM, X, NEW-1, URAL a Delhi/CAS. Plná identita repetitivních sekvencí byla prokázána u 28,0 % kmenů (9 skupin) globální linie 4 - Euro-Americké, sublinií Haarlem (4 skupiny), H37Rv (3 skupiny), Cameroon (1 skupina) a S (1 skupina). Mezi analyzovanými kmeny byly čtyři multirezistentní (MDR) kmeny bez klastrování (jeden kmen v roce 2013, tři kmeny v roce 2014). Dva MDR kmeny patřily ke globální linii 4 - Euro-Americké; dva MDR kmeny byly zařazeny ke globální linii 2 - Východo-Asijské. Závěry: Genotypizace kmenů M. tuberculosis metodou MIRU-VNTR umožňuje rychlou genetickou identifikaci jednotlivých kmenů a jejich zařazení do linií a sublinií. Identifikace kmenů M. tuberculosis, jejich zařazení do linií a rozložení linií dovoluje sledovat jejich pohyb nejen na území jednoho státu, ale i na celém světě. Při víceletém genotypování kmenů lze vysledovat původní zdroj infekce a její přenos.

Název v anglickém jazyce

Molecular epidemiology of tuberculosis in the capital of Prague in 2013 and 2014

Popis výsledku anglicky

Aim: Phylogenetic analysis of Mycobacterium tuberculosis strains by the MIRU-VNTR method and their assignment to lineages and sublineages. Material and methods: DNA of 132 strains of M. tuberculosis was recovered from patients in the capital of Prague in 2013 and 2014. The MIRU-VNTR method was used. Using the MIRU-VNTRplus website tools, the strains were identified and assigned to genetically related groups. Results: The highest prevalence of TB was reported in males aged between 45 and 54 years. The isolates of M. tuberculosis show high polymorphism in the number of repetitive sequences. Three global lineages were identified: 1 - Indo-Oceanic, 2 - East-Asian, and 4 - Euro-American, represented by 85.6 % of strains, comprising nine sublineages: Haarlem (40.9 %), H37Rv (25.8 %), S, Cameroon, LAM, X, NEW-1, URAL, and Delhi/CAS. Fully identical repetitive sequences were found in 28.0 % of strains (nine groups) of global lineage 4 - Euro-American, sublineages Haarlem (four groups), H37Rv (three groups), Cameroon (one group), and S (one group). Among the strains analyzed, four multi-drug resistant (MDR) strains were identified without clustering (one in 2013 and three in 2014). Two MDR strains were assigned to Euro-American lineage 4 and two MDR strains to East-Asian lineage 2. Conclusions: Genotyping of M. tuberculosis strains by the MIRU-VNTR method allows for rapid genetic identification and assignment to lineages and sublineages. The identification of strains of M. tuberculosis, their assignment to lineages, and line­age distribution make it possible to monitor their movement not only within a country but also worldwide. Genotyping data obtained over years make it possible to track the infection source and transmission pathways.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

30303 - Infectious Diseases

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

—

Svazek periodika

67

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

58-63

Kód UT WoS článku

000454046100002

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85052756292