Hledání vhodných molekulárních markerů pro rozlišení různých druhů enterokoků

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F21%3A00013533" target="_blank" >RIV/75010330:_____/21:00013533 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.vtei.cz/2021/02/hledani-vhodnych-molekularnich-markeru-pro-rozliseni-ruznych-druhu-enterokoku/" target="_blank" >https://www.vtei.cz/2021/02/hledani-vhodnych-molekularnich-markeru-pro-rozliseni-ruznych-druhu-enterokoku/</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.46555/VTEI.2020.12.005" target="_blank" >10.46555/VTEI.2020.12.005</a>

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Hledání vhodných molekulárních markerů pro rozlišení různých druhů enterokoků

Popis výsledku v původním jazyce

Enterokoky patří spolu se zástupci druhu Escherichia coli mezi tzv. indikátory fekálního znečištění, které se používají při hodnocení mikrobiologické kvality koupacích vod. Jejich stanovení se řídí vyhláškou MZ ČR č. 238/2011 Sb. a provádí se kultivačně na selektivních agarových médiích. Je známo, že ne všechny druhy enterokoků jsou fekálního původu a mají tedy přímou souvislost s fekálním znečištěním vody. Pro správné hodnocení kvality koupací vody by bylo vhodné znát i původ těchto bakterií. K trasování původu mikroorganismů (tzv. MST, „microbial source tracking“) se s výhodou používá metod molekulární biologie. Pomocí PCR metody lze amplifikací molekulárních markerů (tj. specifických úseků DNA) odlišit různé druhy enterokoků. Publikací zabývající se touto tématikou je mnoho, nicméně ve většině studií se k druhovému rozlišení používá pouze jeden marker, a to při práci s přírodními vzorky nemusí být vždy dostatečné. Pro spolehlivou druhovou identifikaci u přírodních vzorků by bylo výhodnější použít kombinaci několika markerů. Zároveň by bylo vhodné aplikovat poznatky získané z experimentů s čistými kulturami na přírodní vzorky koupacích vod, a to jak čistých, tak fekálně znečištěných. Pro praxi by byly důležité i postupy umožňující PCR ze směsného přírodního vzorku, tedy bez nutnosti předkultivace na selektivních médiích, aby se maximálně zkrátila doba, za kterou je znám výsledek. Cílem tohoto příspěvku je přehledně shrnout publikované molekulární markery pro identifikaci jak enterokoků, tak příbuzných mikroorganismů, a zhodnotit jejich možné použití v mikrobiologii vody pro rychlé zařazení zástupců rodu Enterococcus do druhů při analýze přírodních vzorků.

Název v anglickém jazyce

Search for suitable molecular markers for species differentiation of enterococci

Popis výsledku anglicky

Enterococci, together with representatives of the species Escherichia coli, belong to the so-called indicators of faecal pollution, which are used in the evaluation of the microbiological quality of bathing waters. Their determination is governed by the Decree of the Ministry of Health No. 238/2011 Coll. and performed by culture on selective agar media. It is known that not all types of enterococci are of fecal origin and are therefore directly related to fecal water pollution. To properly assess the quality of bathing water, it would be useful to know the origin of these bacteria. For tracing the origin of these microorganisms (so-called microbial source tracking) the molecular biology methods can be used. Using PCR method, different types of enterococci can be distinguished by amplification of molecular markers (ie specific parts of DNA). There are many publications dealing with this topic, however, in most studies, only one marker is analyzed for species differentiation, and this may not always be sufficient when working with natural samples. For reliable species identification in natural samples, it would be more advantageous to use a combination of several markers. At the same time, it would be appropriate to apply the knowledge gained from experiments with pure cultures to natural samples of bathing water, both pure and faecally polluted. For practice, it would be also important to use procedures enabling PCR from a mixed natural sample, without the need for pre-cultivation on selective media, in order to minimize the time for which the result is known. The aim of this paper is to summarize the published molecular markers for the identification of both enterococci and related microorganisms, and to evaluate their possible use in water microbiology for the rapid classification of Enterococcus species into species during the analysis of natural samples.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

30304 - Public and environmental health

Projekt

<a href="/cs/project/TJ04000132" target="_blank" >TJ04000132: Využití metod molekulární biologie k identifikaci zdrojů znečištění v koupacích vodách</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

VTEI

ISSN

0322-8916

e-ISSN

1805-6555

Svazek periodika

63

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

19-23

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—