Detailní molekulární charakterizace izolátů Neisseria meningitidis metodou sekvenace celého genomu (WGS), Česká republika, 2010–2019

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F21%3A00013582" target="_blank" >RIV/75010330:_____/21:00013582 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.prolekare.cz/en/journals/epidemiology-microbiology-immunology/2021-3-20/detailed-molecular-characterization-of-neisseria-meningitidis-isolates-by-whole-genome-sequencing-wgs-czech-republic-2010-2019-128254?hl=cs" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/en/journals/epidemiology-microbiology-immunology/2021-3-20/detailed-molecular-characterization-of-neisseria-meningitidis-isolates-by-whole-genome-sequencing-wgs-czech-republic-2010-2019-128254?hl=cs</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Detailní molekulární charakterizace izolátů Neisseria meningitidis metodou sekvenace celého genomu (WGS), Česká republika, 2010–2019

Popis výsledku v původním jazyce

Cíl: Prezentace prvních výsledků analýzy souboru izolátů Neisseria meningitidis z invazivního meningokokového onemocnění a izolátů spjatých s nimi klinicky a/nebo epidemiologicky z období 2010–2019. Ke studiu byla použita metoda sekvenace celého genomu (WGS). Materiál a metody: Studovaný soubor tvořilo celkem 59 izolátů N. meningitidis z období 2010–2019. Séroskupiny byly určeny klasickými sérologickými metodami a ověřeny metodou RT-PCR. Metodou WGS byla provedena detailní molekulární charakterizace, která kromě genů základní molekulární charakterizace zahrnuje i analýzu ribozomálních a kapsulárních genů, genu antibiotické rezistence penA a genu porA, který kóduje protein zevní buněčné membrány. Výsledky: Studium izolátů N. meningitidis metodou WGS poskytlo detailní molekulární charakterizaci. U velké části studovaných genů byly zjištěny nové, mutované alelové varianty, které byly registrovány v databázi PubMLST a následně anotovány kurátorem. U všech 59 studovaných izolátů byl určen BAST typ, což je kombinace alelových variant genů antigenů vakcín proti onemocněním vyvolaným N. meningitidis B (MenB vakcín). Celkem bylo zjištěno 32 různých BAST typů, z toho 10 izolátů obsahovalo buď neznámou kombinaci BAST lokusů, nebo neslo novou alelovou variantu v některém z nich. Dále byl u studovaných izolátů určen index MenDeVAR, který poskytuje informace o funkčním účinku MenB vakcín na daný izolát. Závěry: Získané výsledky prohlubují znalosti o přenosu invazivních a neinvazivních kmenů N. meningitidis v populaci. Metodou WGS byla získána detailní data o pokrytí těchto kmenů novými MenB vakcínami.

Název v anglickém jazyce

Detailed molecular characterization of Neisseria meningitidis isolates by whole genome sequencing (WGS), Czech Republic, 2010–2019

Popis výsledku anglicky

Aim: Presentation of the first results of the analysis of Neisseria meningitidis isolates from invasive meningococcal disease and from clinically and/or epidemiologically linked cases from 2010-2019. Whole genome sequencing (WGS) was used for the study. Material and methods: The study set included 59 isolates of N. meningitidis from 2010-2019. Serogrouping was done by conventional serological methods and confirmed by RT-PCR. WGS was used for detailed molecular characterization, covering not only basic genes but also ribosomal and capsular genes, antibiotic resistance gene penA, and outer membrane protein gene porA. Results: WGS analysis of N. meningitidis isolates resulted in a detailed molecular characterization. In a large part of the genes analysed, new mutated allelic variants were found. They were submitted to the PubMLST database and subsequently annotated by the curator. All 59 study isolates were assigned to BAST types, characterized by a unique combination of allelic variants of N. meningitidis B vaccine (MenB vaccine) antigen genes. Overall, 32 different BAST types were identified, and 10 isolates either carried an unknown combination of BAST loci or a new allelic variant in some of the BAST loci. Furthermore, the MenDeVAR index, which provides information on the functional effect of MenB vaccines on a given isolate, was determined. Conclusions: The results obtained add to the body of knowledge of the transmission of invasive and non-invasive strains of N. meningitidis in the population. The WGS analysis provided detailed data on the coverage of these strains by new MenB vaccines.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

30303 - Infectious Diseases

Projekt

<a href="/cs/project/NV19-09-00319" target="_blank" >NV19-09-00319: Studium populace meningokoků metodou sekvenace celého genomu - podklady pro aktualizaci vakcinační strategie</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

—

Svazek periodika

70

Číslo periodika v rámci svazku

3

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

10

Strana od-do

168-177

Kód UT WoS článku

000708463000004

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85118372871