Atlas of Protein Hydration
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F86652036%3A_____%2F14%3A00452202" target="_blank" >RIV/86652036:_____/14:00452202 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://www.dnatco.org/atlas" target="_blank" >http://www.dnatco.org/atlas</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Atlas of Protein Hydration
Popis výsledku v původním jazyce
The website provides information on the hydration of amino acid residues in different conformational states in X-ray crystal structures and their visualization in a Jmol applet. The positions and probabilities of the hydration sites were derived from theanalysis of of a non-redundant set of 2818 high resolution protein crystal structures from the Protein Data Bank, as described in Biedermannova et al, Acta Cryst. D 2015. For each hydration site the interaction energy was also calculated at the level ofDFT-D (RI-TPSS/TZVP augmented with empirical dispersion term) with the solvation effects described using COSMO.
Název v anglickém jazyce
Atlas of Protein Hydration
Popis výsledku anglicky
The website provides information on the hydration of amino acid residues in different conformational states in X-ray crystal structures and their visualization in a Jmol applet. The positions and probabilities of the hydration sites were derived from theanalysis of of a non-redundant set of 2818 high resolution protein crystal structures from the Protein Data Bank, as described in Biedermannova et al, Acta Cryst. D 2015. For each hydration site the interaction energy was also calculated at the level ofDFT-D (RI-TPSS/TZVP augmented with empirical dispersion term) with the solvation effects described using COSMO.
Klasifikace
Druh
R - Software
CEP obor
BO - Biofyzika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Interní identifikační kód produktu
webatlas_hydratace
Technické parametry
website, html, css, javascript, JSmol applet
Ekonomické parametry
typový projekt
IČO vlastníka výsledku
86652036
Název vlastníka
Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.