Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

A unified dinucleotide alphabet describing both RNA and DNA structures

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F86652036%3A_____%2F20%3A00535402" target="_blank" >RIV/86652036:_____/20:00535402 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7293047/" target="_blank" >https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7293047/</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa383" target="_blank" >10.1093/nar/gkaa383</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    A unified dinucleotide alphabet describing both RNA and DNA structures

  • Popis výsledku v původním jazyce

    By analyzing almost 120 000 dinucleotides in over 2000 nonredundant nucleic acid crystal structures, we define 96+1 diNucleotide Conformers, NtCs, which describe the geometry of RNA and DNA dinucleotides. NtC classes are grouped into 15 codes of the structural alphabet CANA (Conformational Alphabet of Nucleic Acids) to simplify symbolic annotation of the prominent structural features of NAs and their intuitive graphical display. The search for nontrivial patterns of NtCs resulted in the identification of several types of RNA loops, some of them observed for the first time. Over 30% of the nearly six million dinucleotides in the PDB cannot be assigned to any NtC class but we demonstrate that up to a half of them can be re-refined with the help of proper refinement targets. A statistical analysis of the preferences of NtCs and CANA codes for the 16 dinucleotide sequences showed that neither the NtC class AA00, which forms the scaffold of RNA structures, nor BB00, the DNA most populated class, are sequence neutral but their distributions are significantly biased. The reported automated assignment of the NtC classes and CANA codes available at dnatco.org provides a powerful tool for unbiased analysis of nucleic acid structures by structural and molecular biologists.

  • Název v anglickém jazyce

    A unified dinucleotide alphabet describing both RNA and DNA structures

  • Popis výsledku anglicky

    By analyzing almost 120 000 dinucleotides in over 2000 nonredundant nucleic acid crystal structures, we define 96+1 diNucleotide Conformers, NtCs, which describe the geometry of RNA and DNA dinucleotides. NtC classes are grouped into 15 codes of the structural alphabet CANA (Conformational Alphabet of Nucleic Acids) to simplify symbolic annotation of the prominent structural features of NAs and their intuitive graphical display. The search for nontrivial patterns of NtCs resulted in the identification of several types of RNA loops, some of them observed for the first time. Over 30% of the nearly six million dinucleotides in the PDB cannot be assigned to any NtC class but we demonstrate that up to a half of them can be re-refined with the help of proper refinement targets. A statistical analysis of the preferences of NtCs and CANA codes for the 16 dinucleotide sequences showed that neither the NtC class AA00, which forms the scaffold of RNA structures, nor BB00, the DNA most populated class, are sequence neutral but their distributions are significantly biased. The reported automated assignment of the NtC classes and CANA codes available at dnatco.org provides a powerful tool for unbiased analysis of nucleic acid structures by structural and molecular biologists.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Nucleic Acids Research

  • ISSN

    0305-1048

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    48

  • Číslo periodika v rámci svazku

    11

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    15

  • Strana od-do

    6367-6381

  • Kód UT WoS článku

    000574284500047

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85086524694