Upgrade Českého centra fenogenomiky: vývoj k translačnímu výzkumu

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

Operační program výzkum, vývoj, vzdělávání

Veřejná soutěž

—

Hlavní účastníci

Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

OP - Operační program EU

Číslo smlouvy

16_013/0001789_01

Název projektu anglicky

Upgrade of the Czech Centre for Phenogenomics: developing towards translation research

Anotace anglicky

The main objective of this project is to develop our CCP Research Infrastructure with regard to technical equipment, capacity, expertise and our own professional teams. We aim to improve phenotypic possibilities by acquiring new, large devices and technologies to be able to derive outputs and results from phenotyping not only more efficiently but also to increase the amount of data we have acquired, which would allow us to monitor the complex features and genetic networks involved in the development human diseases. To increase the CCP level, our research activities described in the grant project will also serve to improve the whole technology platform as well as knowledge (including protocols, SOPs, databases and bio-banks), focusing in particular on the aging process genes involved in this process) and oncology (patient xenografts, PDX). This research, focusing on the development and introduction of new technologies and innovations, will be supported by the establishment of the Bioinformatics Group, which represents a major improvement in the possibilities of efficient and accurate data analysis. The overall objective has several sub-objectives (see feasibility studies): - Advanced phenotyping of aging process of selected mutants and bioinformatics. - Dynamics of metabolomics and changes in metabolism associated with aging. - Phenotyping unit PDX models - New statistical methods, visualization techniques, and dynamic web interface for PDX and aging data. - Virtual tools, cloud computing and reproducible research. - Application of the "deep learning" method to genetics and genomics and associated training. - Characterization of new PDX lines derived from patients with lymphomas and other lymphoproliferative malignancies. - New procedures for the characterization of tumor xenografts including metabolomics. - Testing drugs against cancer.

Kategorie VaV

IF - Infrastruktura výzkumu, vývoje a inovací

CEP - hlavní obor

EI - Biotechnologie a bionika

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Realizací projektu se podařilo úspěšně etablovat nové platformy infrastruktury Czech Centre for Phenogenomics pro bioinformatiku, MALDI zobrazování a PDX modely. Jednotka MALDI imagingu je nyní schopná kvalitně zpracovat širokou škálu biologických vzorků, nabízí pokročilou analýzu datových výstupů tuzemským i zahraničním pracovištím. Vyvinula automatizované nástroje pro úpravu scanů z microCT měření myši, nastavila nové postupy a algoritmy pro analýzu dat z hmotnostní spektrometrie, pro automatickou analýzu imunologických dat a dat z tkání generovaných MALDI jednotkou. PDX jednotka etablovala nové leukemické a plicní PDX modely, které umožní testování nových léčiv. Pro základní a preklinické testování vyvinula řadu ortotopických CDX modelů, které dokážou lépe napodobit původní onemocnění a tím zpřesnit a zvýšit kvalitu výsledků z těchto pokusů. Jednotka se stala součástí EuroPDX consortia a navázala spolupráci s mnoha českými nemocnicemi.

Zahájení řešení

1. 5. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2020

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

13. 8. 2020

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP21-MSM-EF-U/01:1

Datum dodání záznamu

25. 6. 2021

Celkové uznané náklady

62 149 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

62 149 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

2 157 tis. Kč