TriAnnot
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
FP6-2002-Mobility-9
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
RP - Co-financing of EC programme
Contract ID
MSMT-7381/2015-1
Alternative language
Project name in Czech
TriAnnot
Annotation in Czech
Navrhovaný projekt má tři základní cíle. Prvním z nich je instalace platformy TriAnnot pro strukturní a funkční anotaci jaderného genomu pšenice na pracovišti řešitele (ÚEB). Bude se jednat o náročný úkol zahrnující řadu kroků a operací, včetně instalacevětšího počtu bioinformatických programů, databází (DNA/proteiny), softwaru pro statistické analýzy a také odpovídajícího bioinformatického prostředí. Instalace platformy TriAnnot na pracovišti ÚEB poskytne příležitost zahraničnímu partnerovi (INRA) prodalší vylepšování její architektury a funkce, včetně volby optimálních parametrů jednotlivých analýz. Druhým cílem projektu je strukturní a funkční anotace chromozómů pšenice 3DS, 4A a 7DS týmem řešitele (ÚEB) a chromozómů 1B and 4B týmem zahraničního partnera (INRA). Řešení tohoto cíle přinese původní poznatky o struktuře a evoluci genomu pšenice, včetně identifikace genů. Získané poznatky vytvoří předpoklady pro využití metod molekulární biologie a genomiky ve šlechtění nových odrůd pšenice se zvýšenou odolností vůči chorobám a škůdcům a vůči negativním dopadům měnícího se životního prostředí. To by mělo zaručit vyšší výnosy a přispět k zajištění dostatku potravin pro rostoucí světovou populaci. Třetím cílem je urychlení přenosu nových metod a poznatků. Řešitel a jeho spolupracovníci budou moci navštívit pracoviště zahraničního partnera (INRA), kde se zdokonalí v oblasti strukturní a funkční anotace genomů rostlin. V návaznosti na tento projekt pak bude uspořádáno na pracovišti řešitele (ÚEB) setkání uživatelů platformy TriAnnot, které umožní vzájemnou výměnu informací a přispěje k harmonizaci postupů anotace genomu pšenice mezi členy konsorcia IWGSC
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EF - Botany
CEP - another secondary branch
GE - Plant cultivation
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
This project was being realized in the framework of the MOBILITY Activity that aims primarily on establishing and strenghtening ties with foreign research institutions. The control of particular outputs is not implemented by the evalution committee, but the correctness of allocated finances and the adequacy of their use are checked.
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 24, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 30, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-MSM-7A-U/02:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
108 thou. CZK
Public financial support
108 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK