Mitochondrial genome-wide studies of RNA-binding proteins in trypanosomes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
15-21974S
Alternative language
Project name in Czech
Studium vztahů mezi RNA-vážícími bílkovinami a mitochondriálním genomem trypanosom
Annotation in Czech
Trypanozomy a leishmánie způsobují řadu velmi vážných chorob. Jejich společným znakem je editování mitochondriální (mt) RNA, v jehož průběhu dochází post-transkripčně k rozsáhlým změnám v pořadí bází mRNA. Proces editování RNA není přítomen v hostitelích a představuje tudíž velmi vhodný cíl pro nová léčiva. Ačkoli byla většina bílkovin podílejících se na editování popsána, víme pouze velmi málo o jejich vztazích s mt RNA. Našim cílem je detailní poznání vazeb mezi RNA a RNA-vážícími bílkovinami (RBP) prostřednictvím nové a velmi účinné metody zvané individual-nucleotide resolution cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP). Naše předběžné výsledky ukazují, že tato technicky náročná metoda funguje s mt RBP u Trypanosoma brucei, což představuje její první použití pro organelární bílkoviny. Rozsáhlé sekvenování molekul RNA vázaných podjednotkami různých komplexů účastnících se editování a dalších úprav RNA poskytne velké množství dat, která se pokusíme integrovat do souhrnného modelu procesování mt RNA v tomto významném parazitovi.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project reached the proposed aims. The team produced significant original results, which were published in respected scientific journals. The grant holder applied the dedication to this grant project in publications focused to unrelated topics.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
May 4, 2018
Finance
Total approved costs
5,529 thou. CZK
Public financial support
5,529 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK