Elucidation of the structure and interactions of glycoconjugates and glycans using vibrational spectroscopy
Project goals
Glycans are carbohydrate parts of glycoproteins, glycolipids, or proteoglycans often determining their function. Glycans involve in protein folding, protein clearance, cell adhesion, receptor binding, receptor activation and many other processes. The structural characterization of glycans in relation to their function is necessary for their better utilization. However, the scale of tools to study their structure is limited. We propose an extensive study of glycans using methods of vibrational optical activity as a suitable tool for saccharides. The essence of the proposal is to develop new joint theoretical and experimental methodology for prediction and interpretation of vibrational optical activity (especially Raman optical activity) of glycans, their fragments and conjugates and use this methodology to study their structures, dynamics and interactions. The project will enhance the usage of methods vibrational optical activity in the biological studies and beyond, in materials science and structural studies of glycans.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-00270S
Alternative language
Project name in Czech
Objasnění struktury a interakcí glykokonjugátů a glykanů pomocí vibrační spektroskopie
Annotation in Czech
Glykany jsou cukerné části glykoproteinů, glykolipidů a proteoglykanů, jež velmi často určují i jejich funkci. Glykany se účastní řady procesů jako například skládání proteinů, receptorových vazeb, aktivace receptorů, či se podílí na soudržnosti buněk. Přesná strukturní charakterizace glykanů a vztah struktury k funkci jsou nezbytné pro detailní pochopení této funkce a lepšímu využití glykanů. Ovšem škála nástrojů dostupných pro strukturní studie je zde omezená. V projektu navrhujeme výzkum struktury glykanů pomocí metod vibrační optické aktivity. Podstatou projektu je vývoj spojených teoretických a experimentálních postupů pro předpovědi a interpretace vibrační optické aktivity (zejména Ramanovy optické aktivity) glykanů, jejich fragmentů a konjugátů a využití těchto postupů pro stadium jejich struktury, dynamiky a interakcí. Projekt povede k širšímu použití vibrační optické aktivity v biomedicíně, biochemii, či strukturní analýze sacharidů.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project was devoted to the interpretation of the Raman optical activity (ROA) spectra of saccharides. Novel experimental and theoretical approaches were designed to identify, describe and investigate conformational behaviour of both simple and complex carbohydrates. All the project aims were fulfilled leading to 7 published articles. High engagement of pre-gradual students is also beneficial.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 31, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 25, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2019
Finance
Total approved costs
7,752 thou. CZK
Public financial support
6,507 thou. CZK
Other public sources
1,245 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
7 752 CZK thou.
Public support
6 507 CZK thou.
83%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
BO - Biophysics
Solution period
01. 01. 2016 - 31. 12. 2018