Foreign DNA in barley (Hordeum spp.) – are there any genomic enablers of horizontal gene transfer in grasses?
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Botanický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-06548S
Alternative language
Project name in Czech
Cizorodá DNA u ječmenů (Hordeum spp.) – jaké mechanismy na genomické úrovni podporují horizontální přenos genů u trav?
Annotation in Czech
Horizontální přenos genů je stále intenzivněji vnímán jako důležitý evoluční fenomén. U zástupců ječmenů (Hordeum, Triticeae, Pooideae) jsme zjistili přítomnost cizorodých rDNA sekvencí (ribotypů), pocházejících z panikoidních trav. Do ječmenů se pravděpodobně dostaly v rámci několika nezávislých horizontálních přenosů. U druhu H. bogdanii byl cizorodý rDNA lokus asociován s LTR-retrotransposonem pocházejícím z rodu Panicum. V rámci projektu budeme studovat podstatu a dynamiku výskytu cizorodého genetického materiálu v rodu Hordeum v souvislosti s existení několika cizorodých ribotypů. Modelovým druhem bude H. stenostachys obsahující pět cizorodých ribotypů. Bude připravena BAC DNA knihovna pro cílenou identifikaci a charakterizaci cizorodé DNA. Získané klony poslouží ke srovnávacím analýzám s dalšími zástupci rodu Hordeum. Takto zaměřená studie nám umožní molekulárně a cytogeneticky charakterizovat cizorodý genetický materiál u H. stenostachys a dalších zástupců ječmenů a pomůže odhalit podstatu mnohonásobné integrace cizorodého genetického materiálu a jeho evoluční konsekvence.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EF - Botany
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
—
Latest support payment
Apr 26, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Data delivery date
Feb 22, 2021
Finance
Total approved costs
8,184 thou. CZK
Public financial support
6,807 thou. CZK
Other public sources
1,377 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK