Methods of Identification and Visualization of Tunnels for Flexible Ligands in Dynamic Proteins
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická<br>Masarykova univerzita / Fakulta informatiky<br>Západočeská univerzita v Plzni / Fakulta aplikovaných věd
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-07690S
Alternative language
Project name in Czech
Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech
Annotation in Czech
Proteiny jsou biochemické makromolekuly, hrající životně důležitou úlohu ve všech živých organismech. Porozumět jejich chování je důležité pro rychlejší vývoj nových léků a jiných chemických složek. Proteinové funkce jsou silně ovlivňovány svojí reaktivitou s jinými molekulami (ligandy). Prostorová analýza chování ligandů v proteinech v podmínkách molekulární dynamiky je jedním z nejdůležitějších současných úkolů bioinformatiky. Současné přístupy jsou založeny především na geometrii, využívají množinu sfér a 3D geometrické dělení prostoru. Fungují dobře pro statické modely a jednoduché molekuly, ale pro dynamické a komplexní molekulární struktury nejsou dost silné. Objevily se nadějné alternativní přístupy využívající plánování pohybu založené na vzorkování, ale vzorkují konfigurační prostor slepě, tj. používají rovnoměrné vzorkování. Úkolem navrhovaného projektu je vyvinout výpočetní a vizualizační metody založené na plánování pohybu a sofistikovanějším vzorkování. Metody budou pracovat pro flexibilní ligandy pohybující se v dynamických proteinech.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
JC - Computer hardware and software
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
20206 - Computer hardware and architecture
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project achieved largely its planned scientific goals. The positive aspects of the project include participation of many students on the project as well as close cooperation between team members at various places. Software packages created during the project might find applications in bioinformatics. The weak aspect of project is weak publication activity of the team in uninspiring venues.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 26, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
Jul 23, 2020
Finance
Total approved costs
6,205 thou. CZK
Public financial support
5,251 thou. CZK
Other public sources
949 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK