Y chromosome dynamics in dioecious plants: intra- and interspecies genomic analysis of Silene latifolia and S. dioica
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 22 (SGA0201800001)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
18-06147S
Alternative language
Project name in Czech
Dynamika chromozomu Y u dvoudomých rostlin: vnitro- a mezidruhová analýza genomů Silene latifolia a S. dioica
Annotation in Czech
Strukturně odlišitelné pohlavní chromozomy vznikly během evoluce u mnoha živočichů a několika druhů rostlin. Pohlavní chromozomy představují specifickou oblast genomu, kde dochází k lokálnímu potlačení rekombinace. V důsledku toho se na chromozomu Y (W) akumuluje repetitivní DNA. Existuje pouze malé množství studií, které se zabývají tím, jak různé typy repetic přispívají k dynamice velikosti genomu v souvislosti s evolucí pohlavních chromozomů. V tomto projektu budeme studovat strukturu chromozomu Y u vybraných populací dvou příbuzných dvoudomých druhů, Silene latifolia a S. dioica. Použitím průtokové cytometrie, NGS analýz a bioinformatických nástrojů určíme, které repetice jsou klíčové pro variabilitu velikosti genomů, a které pro utváření Y chromozomu. Naše data budou ověřena pomocí sekvenování sortovaných chromozomů Y a FISH experimentů. Vnitro a mezidruhové rozdíly v zastoupení DNA repetic na úrovni chromozomu Y a celého genomu ozřejmí evoluční síly, které regulují dynamiku velikosti genomů. Ukážeme, zda chromozom Y je stále ve fázi expanze nebo se již začal „smršťovat“.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
10620 - Other biological topics
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EF - Botany
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2020
Project status
—
Latest support payment
Mar 25, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-R/11:1
Data delivery date
Feb 22, 2021
Finance
Total approved costs
9,565 thou. CZK
Public financial support
8,578 thou. CZK
Other public sources
987 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK