Relevance of duplicated promoter sequences for the function of plant 35S rDNA intergenic spacers.
Project goals
Duplications of promoters for RNA Pol I, referred to as spacer promoters (SPs), are found within the 35S rDNA intergenic spacers (IGSs) across animals and plants. Despite wide spread occurrence, their function in plant rDNA transcription remain enigmatic. We showed that related plant species Tragopogon dubius and T. porrifolius differ substantially in their repetitive organization of IGSs, mainly due to different numbers of SPs distributed along the entire IGS. To understand the relevance of SPs in plants, we will take advantage of this unique plant system to evaluate the DNA conformation, protein-binding capacity, chromatin structure and transcriptional activity of individual highly related promoter duplicates that are localized within variable repetitive surroundings. Characterization of those promoters associated with primary transcripts or spacer transcripts will be of particular interest. We expect that results will help to better understand molecular basis of rDNA-related epigenetic phenomena, such as the nucleolar dominance occurring in interspecific hybrids and allopolyploids
Keywords
Promoter duplicationsnucleolar dominancespacer transcriptchromatin structurehistone modificationsDNA methylationDNA-protein interactionsTragopogon
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202000001
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
20-28029S
Alternative language
Project name in Czech
Význam zdvojených promotorových sekvencí pro funkci rostlinných mezigenových mezerníků u 35S rDNA
Annotation in Czech
Duplikace promotorových sekvencí pro RNA Polymerázu I, označované jako mezerníkové promotory (SP), se vyskytují v mezigenových mezernících (IGS) pro 35S rDNA jak u živočichů, tak u rostlin. Přes jejich rozšíření však zůstává jejich funkce v transkripci rDNA v podstatě neznámá. Ukázali jsme, že příbuzné rostlinné druhy Tragopogon dubius a T. porrifolius se významně liší v repetitivním uspořádání IGS hlavně v důsledku odlišného počtu SP, jež jsou roztroušeny podél celé délky IGS. Za účelem pochopení významu SP u rostlin, využijeme tento jedinečný rostlinný systém pro studium konformace DNA, vazebných afinit k proteinům, struktury chromatinu a transkripční aktivity jednotlivých vysoce homologních promotorových duplikátů, jež se však nacházejí ve variabilním repetitivním okolí. Důraz bude kladen na charakterizaci a srovnání těch duplikací, jež jsou spojeny s produkcí primárních nebo mezerníkových transkriptů. Očekáváme, že výsledky pomohou lépe pochopit molekulární základ epigenetických jevů, spojených s funkcí rDNA, jako je jadérková dominance u mezidruhových hybridů a allopolyploidů.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 8, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
6,273 thou. CZK
Public financial support
6,273 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
6 273 CZK thou.
Public support
6 273 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Plant sciences, botany
Solution period
01. 01. 2020 - 31. 12. 2022