Experimental and computational analysis of hydrophobic clusters in thermophilic proteins
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 9 (SGA02006GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
203/06/1727
Alternative language
Project name in Czech
Experimentální a výpočetní analýza hydrofobních klastrů termofilních proteinů
Annotation in Czech
Teplotně senzitivní mutanty termofilních proteinů jsou významným zdrojem informací pro studium stability a funkce proteinů. V předloženém projektu popisujeme metodu která by měla umožnit identifikaci těch aminokyselin jejichž mutací dojde ke změně fenotypu nebo ke změně teplotního optima. Cílem práce je identifikace řady hydrofobních/aromatických aminokyselin jejichž změnou jsme schopni požadované funkce dosáhnout. Tato identifikace bude probíhat studiem vztahů mezi hydrofobními aminokyselinami vproteinovém core a celkovou stabilitou proteinu a analýzou optimalizovaných hydrofobních interakcí. Základním prvkem této studie je korelace výsledků získaných rozvinutými výpočetními metodami kvantové chemie na modelových systémech a experimentálních údajů změřených na řešitelském pracovišti nebo z literatury popisujících proteinovou stabilitu termodynamicky. Z praktického hlediska je využití tohoto přístupu aplikovatelné k návrhu proteinů stabilních při vysokých teplotách.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The main goal of the project was a structural localization of hydrophobic clusters inside a protein molecule and their connection with thermal stability of the protein. For this purpose a detail mapping and proper description of stabilization sources in
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 25, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Oct 22, 2009
Finance
Total approved costs
1,501 thou. CZK
Public financial support
1,501 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK