Superhelical structure and dynamics of very long DNA fragments in water phase
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Superhelikální struktura a dynamika velmi dlouhých fragmentů DNA ve vodném prostředí
Annotation in Czech
Znalosti superhelikální struktury DNA a jejího časového vývoje jsou důležité v mnoha oblastech molekulární biologie. Vhodný nástroj k získání takových znalostí představují numerické simulace velmi dlouhých fragmentů DNA (stovky až tisíce párů bazí) v podmínkách blízkých přirozeným - tj. ve vodném prostředí s ionty a při fyziologické teplotě. Vzhledem ke značné velikosti systému nelze simulaci provádět s atomovým rozlišením. Vhodnou metodou je tzv. brownovská dynamika. Pro úspěšnost simulací je však velmi důležitá znalost elastických vlastností fragmentu (poddajnosti v tahu, torzi a ohybu). V navrhovaném projektu chceme využít znalosti potenciálů pro interakci párů bazí, získaných při řešení nosného projektu, jakož i vlastních simulací malých oligomerůDNA k systematické konstrukci elastických potenciálů fragmentů DNA. Zaměříme se zejména na studium jejich sekvenční závislosti, anharmonicity a anizotropie. Získané potenciály pak využijeme v simulacích časového vývoje superhelikální struktury
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
CH - Nuclear and quantum chemistry, photo chemistry
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10402 - Inorganic and nuclear chemistry<br>10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Byly získány zajímavé nové poznatky, které přispěly k úspěšnému řešení nosného projektu garanta. Závěrečná karta informuje objektivně o průběhu řešení a jeho výsledcích. Výsledky byly publikovány v renomovaném časopise. Nicméně počet publikačních výstupů
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1999
Realization period - end
Jan 1, 2001
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3
Data delivery date
Apr 1, 2003
Finance
Total approved costs
856 thou. CZK
Public financial support
641 thou. CZK
Other public sources
645 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK