The twenty amino acid in/dispensability in bacterial core metabolism
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202400001
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
24-11633S
Alternative language
Project name in Czech
Ne/postradatelnost kanonických aminokyselin v bakteriálním metabolismu
Annotation in Czech
Všechny buňky, jak je známe dnes, produkují bílkoviny ze stejných 20 kanonických aminokyselin (amk). Studium vniku a evoluce života nicméně implikuje, že dřívější bílkoviny byly tvořeny menší aminokyselinovou abecedou. Cílem tohoto záměru je (i) prozkoumat postradatelnost vybraných amk v kontextu E. coli a (ii) re/konstruovat E. coli linii, která v centrálním metabolism (glykolýza a TCA cyklus) bude používat proteiny tvořené pouze 19 amk. Stavíme zde na hypotéze, že Trp (zřejmě nejmladší a jedna z nejméně zastoupených amk) bude nejvíce postradatelná. To bude testováno ve srovnání s nedostatkem vybraných amk pomocí adaptivního laboratorního experimentu. Dalším cílem tohoto projektu bude substituovat všechny Trp residua v proteinech centrálního metabolismu a to in vivo, tedy pomocí metod genomové editace za využití in vitro evolučních strategií. Z výsledku této studie zjistíme, zda-li a jak dnešní buňky mohou kompenzovat nedostupnost jedné aminokyseliny. Taková informace má (kromě pochopení evoluce buňky) přímé implikace pro design syntetických buněk.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Apr 10, 2024
Finance
Total approved costs
12,105 thou. CZK
Public financial support
12,105 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK