Genetic determinants of cardiac mass and response to infarction in recombinant inbred rats
Project goals
Many cardiovascular (CV) phenotypes are quantitative traits determined by genetic and environmental factors. This project will characterize the genetic determinants of clinically important CV phenotypes in recombinant inbred (RI) rats derived from the Spontaneously Hypertensive and normotensive Brown Norway rats (BXH/HXB RI panel) using an integrated linkage and expression profiling approach. The BXH/HXB panel is uniquely suited for these studies, which relates to parental differences in CV phenotypes.In this project we will identify quantitative trait loci (QTLs) that regulate cardiac mass, peri-infarct arrhythmias and infarct size. Global cardiac gene expression will be determined using Affymetrix microarrays across the BXH/HXB panel andin parentalstrains. Expression QTLs (eQTLs; gene expression that is heritable and maps to a discrete region of the genome), which map close (+10Mb) to their own genomic location (cis-acting eQTLs) and co-localize with physiological QTLs (pQTLs) will be
Keywords
gene expression profilesmyocardial infarctionrecombinant inbred strains
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 9 (SGA02006GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
301/06/0028
Alternative language
Project name in Czech
Genetické determinanty hmotnosti myokardu a reakce na infarkt u rekombinantních inbredních kmenů potkana
Annotation in Czech
Většina kardiovaskulárních fenotypů jsou kvantitativní znaky determinované genetickými faktory a faktory prostředí. V předkládaném projektu budeme analyzovat genetické determinanty klinicky důležitých kardiovaskulárních fenotypů u rekombinantních inbredních (RI) kmenů, odvozených od spontánně hypertenzních potkanů kmene SHR a normotenzních potkanů kmene Brown Norway (BXH/HXB RI kmeny), pomocí integrace vazebných analýz s analýzou profilů genové exprese. BXH/HXB panel RI kmenů představuje unikátnímodelový systém pro tyto studie. V tomto projektu odhalíme lokusy kvantitativních znaků (QTL) regulujících hmotnost myokardu, periinfarktové arytmie a velikost infarktu myokardu. Pomocí analýzy Affymetrix cDNA čipů určíme expresi genů v levé komoře srdeční u RIkmenů a u progenitorů. Expresní QTL (eQTL; genetické determinanty asociované s expresí genů), které budou lokalizovány blízko (+10Mb) genů samotných (cis-regulované eQTL) a blízko fyziologických QTL, budou vybrány jako kandidátní geny pro
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
ED - Physiology
CEP - another secondary branch
FA - Cardiovascular diseases including cardio-surgery
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30105 - Physiology (including cytology)
30201 - Cardiac and Cardiovascular systems
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
For identification of genetic determinants responsible for left ventricle hypertrophy, we combined analysis of gene expression profiles with linkage analysis (so called genetical genomics) and with correlation analyses between left ventricle mass and the
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 25, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Oct 22, 2009
Finance
Total approved costs
3,582 thou. CZK
Public financial support
3,582 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
3 582 CZK thou.
Public support
3 582 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2006 - 31. 12. 2008