Structural basis for poly(A) independent transcription termination pathway
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P305-10-1490
Alternative language
Project name in Czech
Strukturní podstata ukončení transkripce nezávislé na poly(A) signálu
Annotation in Czech
V eukaryotech existují dva různé mechanismy ukončení transkripce pro RNA polymerázu II: mechanismus závislý a nezávislý na poly(A) signálu. V mechanismu závislém na poly(A) signálu hraje klíčovou úlohu mnohoproteinový komplex, který rozpoznává poly(A) signál ve vznikajícím transkriptu. V mechanismu nezávislém na poly(A) signálu, který je využíván při tvorbě malých jaderných či jadérkových RNA a mezigenových či "anti-sense" RNA, hraje klíčovou úlohu proteinový komplex Nrd1-Nab3. Při tomto mechanismu, CTD doména RNA polymerázy II (fosforylovaná na serinu č.5), přitáhne protein Nrd1 skrze její CID doménu. Komplex proteinů Nrd1-Nab3 dále váže specifické sekvenční motivy RNA ve vznikajícím transkriptu. Navrhujeme určit náledující struktury (i) Protein Nrd1 CID v komplexu s fosforylovanou CTD RNA polymerázy II (ii) RNA vázající domény Nrd1 and Nab3 ve volné a vázané formě s RNA (iii) minimální komplex proteinů Nrd1-Nab3 ve volné a vázané formě s RNA. S pomocí těchto struktur dokážeme lépe pochopit doposud málo objasněný mechanismus ukončení transkripce nezaložený na poly(A) signálu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
CE - Biochemistry
CEP - another secondary branch
BO - Biophysics
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project resulted in important advances in understanding the structure-function relationships within protein complexes participating in eukaryotic translation. The results have been incomporated in high quality publications.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 18, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
May 22, 2015
Finance
Total approved costs
11,935 thou. CZK
Public financial support
11,935 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK