Intramembrane proteases of rhomboid family – specificity, mechanism, and substrate identification as a key to their biological roles.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P305-11-1886
Alternative language
Project name in Czech
Intramembránové proteasy rodiny rhomboidů – specifita, mechanismus a identifikace substrátů jako klíč k jejich biologickým rolím.
Annotation in Czech
Rhomboidy jsou intramembránové proteasy, které kontrolují vývojovou signalizaci, dynamiku mitochondrií a pathogenicitu parazita způsobujícího malárii. Jsou silně konservovány v evoluci, ale jejich funkce ve většině organismů včetně savců a bakterií jsou neznámé a jejich substrátová specifita a mechanismus nejasné. Substráty jsou klíčem k jejich biologickým rolím. Abychom je nalezli, nejprve pomocí mutageneze modelových substrátů, enzymologické a rentgenostrukturní analysy prostudujeme specifitu representativních bakteriálních rhomboidů vybraných na základě fylogenetického a genomického rozboru. To nám umožní predikovat jejich kandidátní substráty na úrovni celých genomů. Následná biochemická a genetická analysa těchto substrátů ve dvou modelových bakteriálních druzích odhalí biologii příslušných bakteriálních rhomboidů. Tento přístup objasní specifitu a mechanismus rhomboidů a jeho diversitu a poskytne platformu pro identifikaci jejich substrátů u ostatních bakteriálních druhů včetně pathogenů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
EE - Microbiology, virology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
This project brought substantial new mechanistic understanding of rhomboids. Solved crystal structures of intramembrane protease in complex with the substrate peptide revealed the substrate binding specifity of rhomboid GlpG. They are first structures of membrane protein solved in CR. Key publication was EMBO J, where Strisovsky is the corresponding author and the co-authors only from CR.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Apr 13, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Sep 25, 2017
Finance
Total approved costs
3,819 thou. CZK
Public financial support
3,819 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK