Understanding the impact of endogenous viruses on host biology: a combined computational and experimental strategy
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
—
Call for proposals
—
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
22-41060L
Alternative language
Project name in Czech
Studium vlivu endogenních virů na biologii hostitele: kombinovaná výpočetní a experimentální strategie
Annotation in Czech
Hlavním cílem projektu je objasnit vliv endogenních virů (ERV) na biologii hostitele pomocí kombinované výpočetní a experimentální strategie. Komplexní databázi HERVd použijeme k identifikaci funkčně relevantních ERV pomocí tří alternativních přístupů. Nejprve použijeme testy neutrality k vyhledávání lidských ERV, které jsou pod pozitivním nebo negativním selekčním tlakem na základě DNA variant v mnoha lidských populacích. Za druhé, použijeme údaje o prezentaci antigenu k nalezení lokusů ERV, které jsou pod negativní imunitní selekcí thymocytů. Za třetí použijeme srovnávací genomické přístupy k hledání lokusů ERV konzervovaných mezi různými druhy. Potenciálně významné lokusy ERV identifikované tímto širokým bioinformatickým přístupem budou transkripčně aktivovány a potlačeny pomocí technologie CRISPRi /a. RNA-Seq analýzou identifikujeme ovlivněné geny a molekulární sítě. Tyto kandidátní geny budou modulovány CRISPR v pluripotentních kmenových buňkách a jejich funkční role bude zkoumána technikami molekulární biologie.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - secondary branch
10607 - Virology
OECD FORD - another secondary branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EA - Morphology and cytology<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jul 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Jul 3, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GF-R
Data delivery date
Mar 14, 2025
Finance
Total approved costs
3,636 thou. CZK
Public financial support
3,636 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK