Parent-specific epigenetic regulation of transgenerational retrotransposon proliferation in plants
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 1 (SGA0201500002)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
15-21523Y
Alternative language
Project name in Czech
Parentálně specifická epigenetická regulace mezigeneračního šíření retrotranspozonů u rostlin
Annotation in Czech
V současnosti se mnoho neví, jestli je mezigenerační přenos mobilních elementů rozdílně regulován v samčí a samičí zárodečné linii rostlin. Protože se některé mobilní elementy liší v produkci 24nukleotidových krátkých RNA a zároveň v přítomnosti na pohlavních chromozomech, navrhli jsme, že absence některých elementů na pohlavním chromosomu Y může být způsobena individualizovaným umlčením během vývoje gamet a v embryogenezi. Abychom otestovali tuto hypotézu, budeme studovat mezigenerační přenos vybraného LTR retrotransposonu u Silene latifolia, dvoupohlavné rostliny s heteromorfními pohlavními chromozomy. Vytvoříme transgenní linii nesoucí modifikovaný transpozon. Transgenní rostliny budeme křížit se standardními rostlinami a následně budeme hledat nové inzerce v F1 generaci potomků. Budeme také studovat efekty vybraných genů důležitých pro metylaci DNA řízenou krátkými RNA. Tyto efekty budou studovány pomocí masivního paralelního sekvenování transkriptomu a metylomu v mutantních liniích.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project, evaluation of which was at the PI´s request postponed for a year, contributed to the knowledge of mechanisms of parent-specific epigenetic regulation of transgenerational retrotransposon proliferation in plants. Numerous new findings were obtained. Most of them were published – 4 papers with dedication (1 research paper and 3 reviews) in scientific journals of high quality came out.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Apr 25, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 17, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GJ-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2020
Finance
Total approved costs
5,298 thou. CZK
Public financial support
5,298 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK