Ecology of the dominant bacterial taxa in the Picea abies forest soil
Project goals
Coniferous forest soil bacterial communities supply critical ecosystem services and have essential roles in soil processes as decomposition and geochemical cycling. Although recent studies examined the relationship between bacterial communities and other environmental variables, our understanding of the functional roles of bacterial communities identified through molecular techniques is still scarce. From the results of previous studies, it was concluded that a highly diverse bacterial community was present and active in the Picea abies forest soil. This project will effort the isolation and physiological characterization of some of the most abundant bacterial strains. It should also provide the genome sequences of selected isolates and data on their gene expression related to important environmental soil functions through a combination of transcriptomics, proteomics, metatranscriptomics and metaproteomics. The results of the project should contribute to gain insight into which role play the quantitatively dominant bacterial taxa present in the environment of coniferous forest soil.
Keywords
bacteriamicrobial ecologyforest soillittermetagenomicsorganic matter decomposition
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 15 (SGA0201400003)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-09040P
Alternative language
Project name in Czech
Ekologie dominantních bakterií v půdě smrčin
Annotation in Czech
Bakterie v půdách jehličnatých lesů poskytují klíčové ekosystémové služby a mají zásadní úlohu v půdních procesech jako je dekompozice a geochemické cykly prvků. Přestože recentní studie zkoumaly vztah mezi bakteriálními společenstvy a environmentálními parametry, porozumění funkcím bakteriálních společenstev, tak jak je popisují metody molekulární biologie, je dosud neúplné. Z předchozích studií vyplývá, že půdy s dominantním Picea abies obsahují vysoce rozmanité celkové i aktivní společenstvo bakterií. Tento projekt má za cíl isolaci a fyziologickou charakterizaci těch bakteriálních taxonů, které patří mezi nejčetnější. Měl by také poskytnout genomové sekvence vybraných isolátů a údaje o jejich expresi ve vztahu k důležitým environmentálním funkcím půdy pomocí kombinace transkriptomiky, proteomiky, metatranskriptomiky a metaproteomiky. Výsledky projektu by měly přispět k rozšíření informací o rolích, které v prostředí půd jehličnatých lesů hrají kvantitativně dominantní bakteriální taxony.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The understanding on the soil bacterial communities in temperate mountainous coniferous forests was improved. For the first time, the gene expression of abundant strains was analyzed in the real soil environment. The project has shown that the expression levels of ribosomal proteins were correlated with bacterial ecological strategies (r/k), which seem to be conserved through bacterial phylogeny.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 17, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GP-U/01:1
Data delivery date
Jun 30, 2017
Finance
Total approved costs
3,594 thou. CZK
Public financial support
3,594 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
3 594 CZK thou.
Public support
3 594 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EE - Microbiology, virology
Solution period
01. 01. 2014 - 31. 12. 2016