Database of the ribotype profiles of bacterial type strains
Project goals
The precise and detailed description of bacterial type strains deposited in microorganisms collections is the basic condition for the control of their identity and authenticity. The type strains are necessary for nearly all taxonomic studies because theyrepresent hitherto described species. Molecular methods based on the analysis of the cellular DNA play an important role together with classical phenotypic tests. Ribotyping represents a molecular method used often in the bacterial taxonomy studies. Thismethod is based on the DNA polymorphism analysis of the genes for ribosomal RNA and the close chromosomal regions. The aim of the project proposed is ribotyping of the type strains of gram-positive cocci and gram-negative rods deposited in the CzechCollection of Microorganisms (CCM). The hybridization profiles database obtained will be a basis for the identification of atypical strains and for the verification of the strain authenticity during a repeated cultivation or the control of strain
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 2 (SGA02002GA-PD)
Main participants
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Knihovna ribotypizačních profilů typových kultur bakterií
Annotation in Czech
Přesná a podrobná charakteristika typových kultur bakterií uložených ve sbírkách mikroorganismů je základním předpokladem pro kontrolu jejich totožnosti a autentičnosti. Typové kultury jsou nezbytné pro téměř všechny taxonomické studie jako srovnávacímateriál reprezentující doposud popsané taxony. Mimo klasické fenotypové charakteristiky zaujímají velmi důležité místo i metody založené na analýze buněčné DNA. Jednou v taxonomii bakterií velmi často používanou metodou je ribotypizace, která jezaložena nadetekci DNA polymorfismu v genech pro ribozomální RNA a v jim blízkých regionech bakteriálního chromozomu. Cílem předkládaného projektu je ribotypizace typových kultur gram-pozitivních koků a gram-negativních tyček uložených v České sbírcemikroorganismů(CCM). Vytvořená databáze hybridizačních profilů bude sloužit jako základ pro identifikaci atypických kmenů a pro srovnání a ověření autentičnosti v případě pasážování jednotlivých typových kultur či pro ověření totožnosti typového kmene
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The type strains representing individual described bacterial species are basic reference materials in all taxonomical studies. The identity and authenticity control is therefore the most important step in the process of their maintenance in bacterial col
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GP-U/06:6
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
661 thou. CZK
Public financial support
531 thou. CZK
Other public sources
130 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
661 CZK thou.
Public support
531 CZK thou.
80%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2002 - 01. 01. 2005