Superresolution imaging and analysis of biological samples using single molecule localization microscopy
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 12 (SGA02012GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P205-12-P392
Alternative language
Project name in Czech
Zobrazení a analýza biologických vzorků v superrozlišení pomocí jednomolekulové lokalizační mikroskopie
Annotation in Czech
Superrozlišení dosažené jednomolekulovou lokalizační mikroskopií se začíná rychle stávat jednou z hlavních technik při zobrazení biologických struktur a molekul hluboko pod difrakčním limitem optických mikroskopů. Navrhovaný projekt se zaměřuje na implementaci a další vývoj této metody. Chceme vytvořit metodologii, která nám umožní analyzovat 3D pozici a přesnost lokalizace jednotlivých molekul a také metodologii, která nám umožní objektivně srovnat různé vykreslovací metody pro data v superrozlišení. Navržené metody využijeme pro zobrazení a analýzu biologických vzorků. Budeme zkoumat roli proteinu erbB3 v buňkách A431, což je molekula, jejíž úloha začíná být zřejmá při studiu rakoviny prsu. Ve spolupráci s Colorado State University, USA, budeme analyzovat receptor inzulínu a inzulínu podobný receptor faktoru bujení v bazofilech 2H3 u potkanů. Náš algoritmus také adaptujeme ke kvantifikaci hustoty a vazeb spojů interchromatinového kompartmentu v každém stádiu vývoje embrionálního jádra u C. elegans.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
IN - Informatics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The main results of the project is a software for data analysis for super-resolution single molecule localization microcopy, published in a top ranked international journal, plus altogether 7 papers of biological studies with the prinicpal investigator participation. However, due to their complementary character, the whole project cannot be judged as excellent.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 31, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GP-U/02:2
Data delivery date
May 6, 2016
Finance
Total approved costs
2,077 thou. CZK
Public financial support
2,077 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK