Sequence-specific electrochemical sensing of PCR-amplified genomic DNA fragments
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 11 (SGA02011GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P206-11-P739
Alternative language
Project name in Czech
Sekvenčně specifická elektrochemická detekce fragmentů genomové DNA amplifikovaných pomocí PCR
Annotation in Czech
Doposud byly navrženy různé principy elektrochemické analýzy DNA spojené s amplifikací specifické sekvence DNA pomocí PCR. Přes tuto zdánlivě širokou paletu technik je stále potřeba zodpovědět řadu otázek týkajících se využití elektrochemických přístupůpři rutinní detekci a diagnostice DNA. Tento projekt je zaměřen na testování různých postupů elektrochemické detekce v analýze genomové DNA amplifikované pomocí PCR. Budeme zkoumat (i) metody zahrnující hybridizaci nukleotidové sekvence PCR produktu se sondami DNA a následnou elektrochemickou detekci bez nebo s použitím značek, nebo (ii) inkorporaci chemicky modifikovaných nukleotidů (značek poskytujících specifické elektrochemické signály) do PCR amplikonů, atd. Vybereme techniky s optimálními analytickými parametry a využijeme je při řešení typických diagnostických problémů - detekci bodových mutací/jednonukleotidových polymorfismů, analýze délky repetitivních sekvencí nebo monitorování genové exprese.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CG - Electrochemistry
CEP - secondary branch
CE - Biochemistry
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10405 - Electrochemistry (dry cells, batteries, fuel cells, corrosion metals, electrolysis)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
A development of amplification/detection protocols based on using electroactive and enzyme tags was achieved. The second part of the project, a design of PCR-based diagnostic techniques, was solved to a limited extent due to 12 month's long maternity leave of PI. A single paper was published in a good analytical journal and, additionally, another manuscript was submitted.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Apr 13, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 6, 2013
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GP-U/01:1
Data delivery date
May 6, 2016
Finance
Total approved costs
1,376 thou. CZK
Public financial support
1,376 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK