Retrotransposon colonizing only recombining part of genome of dioecious plants
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 10 (SGA02010GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P501-10-P483
Alternative language
Project name in Czech
Retrotranspozon kolonizující pouze rekombinující část genomu dvoupohlavních rostlin
Annotation in Czech
Transponovatelné elementy (TE) tvoří významnou část genomů. Evoluční historie, vzájemné interakce TE a interakce TE s hostitelem spolu s mechanizmy šíření jednotlivých TE se odrážejí v rozložení TE na chromozomech. Během široké analýzy TE u S. latifoliajsme objevili rodinu LTR retrotranspozonů typu gypsy, která zcela chybí v nerekombinující části chromozomu Y, zatímco v ostatních částech genomu včetně pseudoautozomální oblasti chromozomu Y (PAR) je zastoupena velmi hojně a rovnoměrně. Absence tohoto elementu na chromozomu Y je pravděpodobně způsobena mechanizmem jeho šíření, který může být mimo jiné založen na rekombinaci. Alternativním vysvětlením je inhibice transpozice mechanizmem RNA interference, která je funkční pouze u samčího pohlaví. Objasnění tohoto mechanizmu může odhalit zajímavé souvislosti mezi šířením TE u sexuálních organizmů na jedné straně a rekombinací, případně RNAi na straně druhé.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EF - Botany
CEP - another secondary branch
ED - Physiology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>30105 - Physiology (including cytology)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
In this project new families of transposable elements Ogre showing limited distribution in the genome of Silene were discovered and characterized also from phylogenetic point of view. sRNA-mediated silencing in male germ line was found to be responsiblefor Ogre distribution as a more general phenomenon. This work was published and contributed significantly to the basic research of plants.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Jan 27, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GP-U/02:2
Data delivery date
May 6, 2016
Finance
Total approved costs
1,897 thou. CZK
Public financial support
1,897 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK